И все же, каким бы авторитетом ни пользовался Филин, у него, во-первых, было много врагов (в первую очередь это конструкторы, которым он «мешал» пускать в серию их гениальные разработки), во-вторых, конечно же, не стоило ему спорить со Сталиным, да еще и публично. Вождь такое никогда не прощал и не забывал. Уже 23 мая генерал Филин был арестован (позднее расстрелян). Вскоре была отстранена от занимаемых должностей группа инженеров и летчиков-испытателей, проводивших государственные испытания в НИИ ВВС, в самом институте начались проверки, разумеется, не сулившие ничего хорошего.
24 мая генерал П.Ф. Жигарев докладывал Сталину: «К 21 мая 1941 года заводы НКАП № 21, № 23, № 31, № 155 и № 165 должны были изготовить и сдать ВВС 593 ЛаГГ-3. К этому же сроку планировалось перевооружить 14 истребительных авиаполков. Фактически военные представительства на этих предприятиях приняли только 158 самолетов. Из них 37 машин находятся в 24 ИАП в Люберцах, 6 – на испытаниях в НИИ ВВС, 5 самолетов на авиационном полигоне и 2 самолета в 19 ИАП в Горелове, остальные 108 самолетов находятся на заводах в процессе доводки… До 7 мая на самолетах ЛаГГ-3 подготовлено 66 летчиков, которые произвели 335 полетов с общим налетом 80 часов 20 минут. Летный состав о самолете ЛаГГ-3 отзывается хорошо». В результате к началу войны ЛаГГ-3 в истребительных полках практически отсутствовали (в отличие от МиГ-3 и Як-1). По данным на 1 июня их следы можно найти только в 44-м ИАП 3-й ИАД (всего в полку числилось 115 истребителей, в том числе – 74 И-16, 26 МиГ-3 и 15 ЛаГГ-3) и в 7-м ИАП 39-й ИАД (всего 2 ЛаГГ-3 из 128 истребителей!). Кстати, поражает количество машин в предвоенных полках (128 и 115!), т. е. столько, сколько обычно имели целые истребительные авиакорпуса в середине и во второй половине войны…
ЛаГГ-3 № 213191 выпуска завода № 31 с подвесными баками ПСБ-100. Сентябрь 1941 г.
31 мая был издан совместный указ ЦК ВКП (б) и СНК СССР, который требовал немедленно усовершенствовать истребитель ЛаГГ-3. Более того, в этом правительственном документе прямо указывалось, как именно это надо сделать: уменьшить емкость топливных баков до 340 литров, емкость маслобака – на 10 литров,