НТС уже с 1951 г. получало средства для своей работы на СССР. Американцы стали финансировать его Закрытый Сектор (ЗС), то есть контакты с гражданами СССР. Сотрудничество шло в основном на техническом уровне, в содержание того, что писал НТС, американцы вмешивались редко (в июньские дни 1953 г. в Берлине они конфисковали призыв к восстанию в Советской Армии). НТС, как и прежде, отказывался иметь дело с военно-разведывательными данными и выдавать свои контакты, но делился политической информацией. Первое время британская разведка тоже поддерживала НТС, а потом перестала, решив, что ей от этого пользы нет.
Представление о размере поддержки даёт число сотрудников ЗС. В 1950-х гг. их было 15–20 человек, к началу поездок курьеров в СССР, в 1960-х, – до 60. Затем возник конфликт с ЦРУ, пожелавшим узнать контакты НТС в СССР; Союз, естественно, отказался, субсидии были урезаны, и число работников ЗС держалось на уровне около 40 до начала 1980-х гг., затем ещё уменьшилось. Последний платёж последовал, как заранее было оговорено, в марте 1991 г. – на том основании, что преодолевать железный занавес (для чего требовались дорогостоящие секретные поездки курьеров) более не требуется, НТС стал внутрироссийской организацией, а вмешиваться во внутрироссийскую политику ЦРУ не намерено. Открытая деятельность НТС в Зарубежье оплачивалась из членских взносов, пожертвований и других источников (например, журнал «Грани», пока он издавался в Германии, поддерживало Министерство культуры ФРГ; на работу с моряками давали деньги американские профсоюзы).
Сотрудники Закрытого Сектора с первых дней возражали против получения зарплаты: «Мы не наёмники, мы союзники!» Сговорились на том, что служат они делу безвозмездно, но Союз даёт им эту возможность, обеспечивая прожиточный минимум. Это «содержание», немногим выше половины средней зарплаты в окружающей экономике, было равным для всех, с надбавками по семейному положению. Личное «содержание» составляло примерно половину бюджета Союза, рабочие расходы – вторую половину. Жизнь сотрудников ЗС на так называемых участках была спартанской: в чужой стране, под чужой фамилией, без возможности откровенного общения, стеснённая множеством правил безопасности и конспирации. Тем не менее члены Союза, уехавшие за океан, возвращались в Европу – кто надолго, кто на два-три года – для работы в союзной системе, ставшей к этому времени предметом особого внимания советских органов госбезопасности.
Министр внутренних дел СССР С. Н. Круглов в приказе от 5 ноября 1953 г. призвал усилить борьбу против НТС как «единственной эмигрантской организации, активно действующей на территории Советского Союза, пользующейся широкой финансовой