После битвы на Курской дуге в июле 1943 г. немецкое отступление стало необратимым. Обстановка под оккупацией сделалась более рыхлой, усилилось партизанское движение. В Полоцке прошли митинги НТС под трёхцветным российским флагом. Ужесточились и репрессии: за связь с партизанами было убито до 30 человек из НТС[4]. Эхо этих репрессий отозвалось в Германии: в Людвигсхафене в июле 1943 г. за связь с рабочими-остовцами арестовали четырёх членов; двое из них погибли в концлагерях.
Чтобы иметь возможность передвигаться через многочисленные блокпосты и заставы в насыщенных партизанами областях, ряд членов Союза состояли в разведывательной организации Абвера «Зондерштаб Р». Её задачей было наблюдение за партизанами, но члены Союза более легкомысленно называли её туристическим бюро. Заместителем начальника по политической части там служил всё тот же А. Э. Вюрглер. Он вёл сложные связи, в частности, с польским подпольем, Армией Крайовой, покрывал липовые сводки членов НТС и долгое время, будучи гражданином Швейцарии, не чуял опасности. 23 декабря 1943 г. он был убит среди бела дня на улице Варшавы. Начальника «Зондерштаба» немцы арестовали и штаб упразднили.
Через полгода последовали масштабные репрессии против НТС. В июне 1944 г. в Верхней Силезии гестапо арестовало 44 человека, к концу месяца в Берлине – около 50, причем в их число вошло всё Исполнительное Бюро: В. М. Байдалаков, Д. В. Брунст, К. Д. Вергун, В. Д. Поремский. Шли аресты в Варшаве и Вене. В сентябре под третью волну арестов попало запасное Исполбюро: Г. С. Околович, М. Л. Ольгский и Е. Р. Островский. Всего было арестовано до 150 членов НТС. Часть руководства гестапо держало в Берлине, в тюрьме на Александерплац, остальных арестованных отправили по концлагерям, где многие и погибли[5]. Содержавшихся в Берлине освободили 4 апреля 1945 г. на поруки генерала Власова. Возможно, эти репрессии стали следствием принятого в верхах германской госбезопасности решения дать ход Власовскому движению. Для контроля над ним надо было изолировать его от НТС. С арестами его членов по времени совпало похищение и убийство в июне 1944 г. видного идеолога Власовского движения майора М. А. Зыкова.
В 1944 г., когда Красная армия стала выходить за пределы Советского Союза, Технический центр НРП пришлось отвести в Одессу, а потом во Львов. Чтобы восстановить связь со страной, в июне 1944 г. отряд из 12 человек под командованием Г. А. Хомутова благополучно прошёл через фронт, но попал в засаду. Сам Хомутов погиб, 11 человек команды были осуждены к различным срокам ГУЛАГа.
Затем удалось договориться с начальством немецких разведшкол, оказавшихся перед угрозой закрытия из-за отсутствия кандидатов-добровольцев,