В состав министерства транспорта включены не только Федеральное агентство железнодорожного, транспорта, но и Федеральное дорожное агентство, Федеральное агентство воздушного транспорта, Федеральное агентство морского и речного транспорта и Федеральная служба по надзору в сфере транспорта.
Пост министра финансов РФ сохранил Алексей Кудрин, который лишился при этом статуса вице-премьера. Положение А. Кудрина в новом составе правительства осложнилось также тем, что первым и единственным вице-премьером правительства РФ стал теперь А. Жуков, который также считается хорошим специалистом в области финансовой политики и бюджета, но который не причислял себя раньше к числу либеральных экономистов и политиков. В думских дебатах по бюджету министр Кудрин и председатель Комитета по бюджету и финансам Жуков нередко занимали существенно различные позиции.
Алексея Кудрина считают не только членом команды В. Путина, но и одним из лидеров «питерских либералов». Он окончил еще в 1983 году экономический факультет ЛГУ, несколько позже – аспирантуру Института экономики АН. Он кандидат экономических наук. Еще в самом конце 80-х годов А. Кудрин вошел в образованную А. Чубайсом группу разработчиков Ленинградской зоны свободного предпринимательства. Этот проект стал одним из наиболее любимых проектов Анатолия Собчака, но его удалось воплотить в жизнь лишь в очень малой части. В Ленинградском правительстве, а потом и в мэрии Санкт-Петербурга А. Кудрин последовательно занимал посты в руководстве Комитета по управлению зоной свободного предпринимательства, Комитета по экономическому развитию и инвестициям, Финансового комитета, начальника главного финансового управления мэрии, первого заместителя мэра города по экономике и финансам. Все эти годы главным авторитетом для Кудрина оставался даже не А. Собчак, а Анатолий Чубайс, и Кудрин в 90-е годы выказал себя одним из наиболее верных последователей либерализма по Чубайсу. Алексей Кудрин не преуспел в Санкт-Петербурге, также как Чубайс не преуспел в Москве. После поражения на выборах А. Собчака А. Кудрин остался не у дел, и А. Чубайс,