В качестве отдельного подразделения администрации функционирует Управление делами президента, или УДП, которое подчиняется непосредственно Владимиру Путину. По положению УДП осуществляет «материально-техническое, транспортное, социально-бытовое и медицинское обслуживание» администрации президента, правительства, парламента и высших судов. Соответствующие управления и группы в министерствах подчинены УДП. Еще в январе 2000 года В. Путин назначил начальником УДП Владимира Кожина, инженера-электротехника по специальности и своего давнего соратника по работе в питерской мэрии. В. Кожин был очень активен и в управлении огромным имуществом «кремлевского сектора», и в коммерческой деятельности – с целью самофинансирования и хозрасчета. Во времена Ельцина значительная часть имущества УДП подверглась разграблению, а около 1000 гектаров «президентских» земель в Одинцовском районе Московской области вдоль Рублево-Успенского шоссе незаконно проданы частным компаниям под коттеджное строительство.
Отдельной структурой, примыкающей к администрации президента, является и Совет безопасности Российской Федерации, статус которого, согласно Конституции РФ, «определяется федеральным законом». Влияние Совета безопасности во многом зависит от влияния того лица, которое занимает пост секретаря Совета безопасности, так как председателем этого Совета является сам Президент. В 2001–2003 годах во главе Совета безопасности стоял такой известный деятель из окружения Бориса Ельцина, как Владимир Рушайло. В конце марта 2004 года Рушайло перемещен на пост исполнительного секретаря СНГ, а секретарем Совета безопасности стал недавний министр иностранных дел Игорь Иванов. «Я вас всех поздравляю с этим назначением», – сказал Владимир Путин, представляя аппарату Совета безопасности нового начальника.
Из числа советников президента выбыли два маршала – Евгений Шапошников и Игорь Сергеев. В отличие от времен Б. Ельцина, советники президента не пользовались в последние годы большим влиянием, выступали именно как советники по отдельным направлениям деятельности главы государства. К осени 2004 года в группе советников президента было девять человек: Андрей Илларионов (экономические проблемы), Асламбек Аслаханов (проблемы Северного Кавказа), Юрий Лаптев (проблемы культуры), Александр Бурутин (военно-техническая политика), Геннадий Трошев (проблемы казачества), Сергей Самойлов (федерализм и местное самоуправление), Анатолий Приставит (проблемы помилования и амнистии), Владимир Шевченко (отдельные поручения по протоколу) и Михаил Лесин (СМИ, спорт и туризм).
Из числа полпредов президента в федеральных округах не был утвержден в прежней должности генерал-полковник Виктор Казанцев, отличившийся во время второй чеченской войны, но оказавшийся малопригодным на посту руководителя Южного федерального округа. Его место ненадолго занял Владимир Яковлев, бывший губернатор Санкт-Петербурга, а потом