Однако, принимая во внимание позицию Константинопольского Патриархата, Российская Церковь не поддерживала полного канонического общения с Болгарским экзархатом. Так, например, митрополит Московский Макарий (Булгаков), исполняя предписания Святейшего Синода, не допустил к богослужению 15 августа 1879 г. митрополита Видинского Анфима (бывшего экзарха Болгарии) и епископа Браницкого Климента, прибывших в Россию для выражения признательности болгарского народа за освобождение от турецкого ига. Митрополит Варненский Симеон, прибывший во главе болгарской государственной делегации по случаю восшествия на престол императора Александра III в мае 1883 г., совершил в Санкт-Петербурге панихиду по почившему государю Александру II без участия русского духовенства. В 1895 г. митрополит Тырновский Климент был любезно принят Санкт-Петербургским митрополитом Палладием, но и в этот раз не имел евхаристического общения с русским духовенством[9].
После русско-турецкой войны 1877–1878 гг., завершившейся освобождением значительной части Болгарии, согласно решениям Берлинского конгресса 13 июля 1878 г., территория Болгарского экзархата была разделена между четырьмя государствами: княжеством Болгария, Турцией, Сербией и Румынией. Однако большинство болгар расценивали границы экзархата как линии, отмечающие территорию их будущего государства. Так Болгарская Православная Церковь стала основным средством сохранения единства болгар (без учета их гражданства) и восстановления значительно более обширных границ страны в рамках Сан-Стефанского мирного договора от 3 марта 1878 г., превратив это стремление в национальную идею.
Данная ситуация нашла отражение и в так называемой Тырновской конституции страны, принятой в апреле 1879 г. на заседании Первого Учредительного Народного Собрания в г. Велико-Тырново; в ней граница болгарской церковной области различалась от государственной. Согласно 39-й статье конституции, Болгарская Православная Церковь в княжестве Болгария и в пределах Османской империи сохранялась единой и неделимой. На практике церковное управление в Болгарии и на территории Османской империи было разделено и в значительной степени развивалось независимо друг от друга, поскольку турецкие власти не разрешали архиереям из княжества напрямую участвовать в управлении экзархатом. Лишь в 1908 г. экзарх впервые получил возможность сформировать законный Священный Синод.
Кафедра экзарха и после политического освобождения Болгарии осталась в Константинополе (Стамбуле). Митрополит Иосиф не хотел потерять влияния на полтора-два миллиона болгар, оставшихся проживать на территории Османской империи.