Верховным органом в этом невероятном триумвирате полномочий оставался, как повелось еще с 1520-х годов, совет по делам Индий. Он возник из добровольных собраний тех членов совета Кастилии, кто интересовался Индиями, но вскоре (точно к 1524 году) был сформирован на законных основаниях.
К примеру, назначение наместников и капитан-генералов, а также судей audiencias, епископов и архиепископов обеих Америк – все эти вопросы рассматривал именно совет по делам Индий. Кроме того, он являлся высшей инстанцией для апелляций по всем индийским делам, равно гражданским или уголовным, а также административным. Главой совета в 1559 году был Луис Уртадо де Мендоса, семидесятилетний аристократ, который занимал множество важных постов, скажем, вице-короля капитан-генерала Наварры и даже главы Кастильского совета (на последнюю должность вернулся в конце 1559 года, а прожил до 1568 года)105. Что показательно для человека такого положения, Уртадо де Мендоса начинал свою службу в качестве королевского пажа в 1502 году. Вскоре он воевал за корону в Наварре, затем направился помогать своему отцу, крепко осевшему в Гранаде Иньиго Лопесу де Мендоса, и далее наследовал тому, став наместником после его смерти в 1515 году. С тех пор Луис Уртадо де Мендоса всегда пользовался покровительством короны. Он был среди тех молодых людей, что торжественно несли гроб Фердинанда-католика из Эстремадуры до усыпальницы в соборе Гранады. Позже он надзирал за строительством дворца для Карла V в Альгамбре; император провел там медовый месяц со своей супругой Изабеллой Португальской106. В 1534 году дон Луис оказался главным планировщиком знаменитого похода императора в Тунис, в котором он участвовал лично. Потом он занялся поисками мирного урегулирования с морисками Гранады и в 1543 году был назначен вице-королем этой провинции. А в апреле 1546 года поддержка Франсиско де лос Кобоса обеспечила ему председательство в Совете по делам Индий. Сам он не бывал в Новом Свете и потому полагался на рассказы путешественников. Не подлежит сомнению, что дон Луис получал письма от своего младшего брата Антонио, вице-короля Новой Испании; увы, до наших дней эти письма не сохранились.
Первой задачей Уртадо де Мендосы было гарантировать военно-морской эскорт для флотов, что курсировали между метрополией и Новым Светом; командовал военными кораблями лучший флотоводец Испании Альваро де Басан107. Тем временем его брат показал себя весьма эффективным наместником Новой Испании; возможно, он не хуже справился бы и в Перу, когда бы не внезапная кончина в 1552 году. Именно дон Луис настоял на том, чтобы брат вызвался отправиться в Перу, хотя он уже находился в преклонном по меркам той эпохи возрасте108.
Возможно, дона Луиса смутило то обстоятельство, что в 1562 году новым главой Кастильского совета, сменив Антонио де Фонсеку, стал Хуан де Вега, протеже португальца принца Эболи. Вега был вице-королем Сицилии и Наварры, а также посланником в Риме. Он отличался благочестием и мягкостью нрава,