Главный вопрос, который рассматривался в схоластике, был о соотношении знания и веры. Первым отделил знание, философию от веры, от религии Тертуллиан. Исходя из того, что религия основана не на разуме, а божественные истины противоречат человеческим, Тертуллиан утверждал: верую, ибо нелепо. У Тертуллиана разум связан с природой и человеком. Вера же выходит за эти пределы, поэтому он осуждал философское знание, ведь оно подтачивает веру, несет сомнение, ослабляет могущество церкви.
Пожалуй, наиболее запоминающимся в философии Средневековья является анализ идеи Бога в соотношении с человеком, а человека – в отношении к Богу (Блаженный Августин). В этом контексте было сформулировано учение о душе, которая суть бессмертная нематериальная субстанция, отличная от тела, а не просто часть тела. При этом велика роль разума, он есть взор души, которым она сама собой, без посредства тела, созерцает истинное бытие.
Из этого логично вытекал постулат о существовании «истин разума» и «истин откровения», который был предложен Фомой Аквинским и позволил ему четко разграничить области философии и теологии. Правда, разграничение было сделано не в пользу философии она признавалась как находящаяся в услужении у богословия и настолько же ниже его, насколько разум человеческий, ограниченный, ниже божественной мудрости. В то же время в споре об универсалиях, т. е. о природе общих понятий, Аквинат был сторонником реализма, согласно которому универсалии существуют трояким образом: «до вещей» в божественном разуме, «в самих вещах» как их сущность, или форма, и «после вещей», т. е. в человеческом разуме (как результат обобщения, абстрагирования). Так появился номинализм, согласно которому универсалии существуют лишь в человеческом разуме, в мышлении.
Несколько отличалось от европейского развитие философии в арабском мире, который на рубеже X–XI вв. переживал расцвет своей культуры. Арабские мыслители тоже находились под влиянием Аристотеля (душа как духовная форма тела бессмертна) и отчасти европейской схоластики, занимая позицию реализма в споре об универсалиях (Ибн-Сина, известный как Авиценна). Но в этой философии Богу, который отнюдь не предшествует материи, а сосуществует с ней, приписывалась функция превращения потенциальных форм материи в действительные (Ибн-Рушд, более известный как Аверроэс). Кстати, Ибн-Рушд отрицал идею бессмертия индивидуальной души.
При всей схоластичности средневековой философии