В 1989 г. по инициативе академика Соколова был создан Учебно-научный центр по переподготовке и повышению квалификации кадров в области экологии, рационального природопользования и охраны природы – Экоцентр МГУ. Владимир Евгеньевич был Генеральным директором Экоцентра, выполнял функции проректора в межфакультетских проектах. Экоцентр в сотрудничестве с отечественными и зарубежными экологическими и природоохранными организациями участвовал в разработке концепции и программ экологического образования и воспитания, в распространении экологических знаний. Множество слушателей и стажеров, пройдя курс обучения в Экоцентре, получили диплом эколога-эксперта.
Владимир Евгеньевич всегда тянулся к учащейся молодежи. Уже будучи маститым профессором, академиком, он находил время послушать и первые самостоятельные работы студентов на летней практике в Звенигороде, и написать теплое предисловие к книге для юных натуралистов, и поучаствовать в обсуждении курсовых и дипломных работ на заседаниях кафедры. Для студентов такие встречи становились значительным, запоминающимся событием. Многих Владимир Евгеньевич пристраивал в экспедиции, отправлял на стажировку (в том числе и зарубежную).
Как мы уже говорили раньше, основным местом работы В. Е. Соколова в последние годы стал Президиум РАН. Его деятельность в Отделении общей биологии началась задолго до его выбора академиком-секретарем в 1985 г… Собственно эта многогранная деятельность в академических структурах во многом способствовала признанию В. Е. Соколова лидером Отделения в середине 80-х. Тогда Отделение объединяло 7 академиков и 25 членов-корреспондентов. Сейчас в Отделении работают 21 академик и 32 члена-корреспондента. Несмотря на значительные научные потери, вызванные социальными потрясениями последнего десятилетия, Отделение насчитывает 12 институтов (некоторые из которых созданы при участии Владимира Евгеньевича), работу еще 30 институтов Отделение курирует. Отделение является учредителем 17 журналов РАН. Среди 12 Научных советов Владимир Евгеньевич возглавлял Совет по проблемам изучения, охраны и рационального использования животного мира, а также