Избранной темой Владимир Евгеньевич продолжал интересоваться на протяжении всей жизни, расширяя круг объектов и методов исследования.
С 1953 по 1956 г. В. Е. Соколов занимается преподавательской и научной работой в Московском технологическом институте рыбной промышленности и хозяйства, а в 1956 г. возвращается в университет в качестве ассистента кафедры зоологии позвоночных.
Даже краткий послужной список Владимира Евгеньевича, ставшего признанным лидером отечественной териологии, весьма впечатляющ: доцент (1960), доктор биологических наук (1964), профессор (1966), директор Института эволюционной морфологии и экологии животных им. А. Н. Северцова (1967), член-корреспондент Академии наук СССР (1970), академик (1974), зав. кафедрой зоологии позвоночных (1982, вскоре преобразованной им в кафедру зоологии позвоночных и общей экологии), и, наконец, в 1985 г. Владимир Евгеньевич избирается академиком-секретарем Отделения общей биологии и становится членом Президиума Академии наук. В том же году В. Е. Соколова включают в состав действительных членов (академиков) Сельхозакадемии (ВАСХНИЛ).
Хотя в последние годы основным местом работы Владимира Евгеньевича являлся Президиум РАН (академик-секретарь ООБ), несомненно, его главным детищем был институт.
Владимир Евгеньевич возглавил институт в непростое время. После выделения в 1967 г. Института биологии развития костяк Института эволюционной морфологии и экологии животных составили лаборатории, ведущие исследования по сложившимся ранее традиционным темам: эволюционная, экологическая и экспериментальная морфология; эволюционная эмбриология и гистология; популяционная экология и биоценология; особенности поведения животных и проблемы доместикации. Не забывая о развитии и углублении традиционных направлений, Владимир Евгеньевич большое внимание уделял экологическим и этологическим исследованиям. Уже в 70-х годах в Институте создаются лаборатории биоакустики, экологии и управления поведением птиц, эволюции сенсорных систем позвоночных. В состав Института вливаются лаборатория биогеоценологии и Центр кольцевания и мечения птиц. В дополнение к одной из старейших биостанций России «Глубокое озеро» при Институте в этот период создаются новые: Утришская морская станция, экспериментальная база «Черноголовка», Костромская таежная станция и др.
В первой половине 80-х годов экологическое направление еще более усиливается. Возникают лаборатории общей экологии, структуры и динамики сообществ, биоиндикации, биоповреждений, экологических основ охраны экосистем и управления популяциями животных.
Необыкновенно быстро, главным образом по инициативе Владимира Евгеньевича, расширяется география исследований, и не только экспедиционных, но и стационарных. Вслед за переводом Российско-Монгольской биологической