Работы по систематике и фаунистике побудили Владимира Евгеньевича заняться историей первоописаний, а затем и историей зоологии. Следуя примеру С. И. Огнева, В. И. Вернадского и других, В. Е. Соколов видел в истории естествознания, ее осмыслении и обобщении залог преемственности и поступательного развития науки, подчеркивая важные социальные, нравственные и воспитательные моменты такой работы. Им заложена серия монографий «История отечественной териологии».
В 1993 г. вышел первый том, а незадолго до кончины Владимир Евгеньевич закончил правку рукописи второго тома. Высоко ценя опыт предшественников, Владимир Евгеньевич принимал участие в организации и проведении заседаний и конференций, посвященных памяти И. И. Шмальгаузена, В. Н. Сукачева, С. И. Огнева, А. Н. Формозова и других ученых.
Особенно велик вклад В. Е. Соколова в разработку проблем экологии и охраны природы. Владимир Евгеньевич со своими учениками и соратниками изучал экологию отдельных видов, сообществ животных, целых экосистем. От изучения биологической продуктивности и структуры популяционных, видовых и надвидовых группировок он переходит к разработке концепции биоразнообразия и созданию программы сохранения биоразнообразия. На основании тщательных экологических исследований были выработаны рекомендации по охране отдельных видов редких, находящихся под угрозой исчезновения видов, подготовлен «Закон об охране животного мира», создана и воплощена в жизнь на международном уровне концепции биосферных заповедников, налажена система экологического мониторинга.
Не остались без внимания академика Соколова и новые факторы антропогенного происхождения, угрожающие благополучию природы и человечества – радиоактивные загрязнения на Южном Урале и с момента аварии 1986 г. – на радиоактивном следе Чернобыльской АЭС.
Трудно даже перечислить комиссии, совещания, международные и отечественные форумы по вопросам охраны природы, где Владимир Евгеньевич выступал как авторитетный эксперт, организатор и горячий поборник сохранения заповедной природы и редких видов животных, рационального природопользования. Уникальная иллюстрированная серия «Заповедники СССР», в издании которой В. Е. Соколов принимал участие как автор и как редактор, несколько монографий и сборников, множество статей, выступлений, интервью – таков массив опубликованных Владимиром