Всестороннее изучение кожных покровов животных (особенно млекопитающих) стало той областью, где Владимир Евгеньевич не только завоевал общепризнанный международный авторитет, но и создал настоящую научную школу.
Следуя благородным традициям отечественных морфологов и сравнительных анатомов, В. Е. Соколов рассматривал развитие кожных покровов в эволюционном и экологическом аспектах. Весьма удачным следует признать сам выбор кожи как объекта исследования. Этот пограничный слой, оберегающий внутреннюю среду организма и сам организм от агрессивного воздействия внешнего мира, вместе с тем демонстрирует удивительную адаптивность, обеспечивающую теплокровным животным благополучное существование и при арктическом холоде, и при тропической жаре. Исследование кожи и ее дериватов (волос, желез и т. д.) привело к открытию специфических адаптаций, отражающих приспособление млекопитающих к водной, воздушной, наземной и подземной средам. Кожа как биологическая система оказалась на редкость мульти-функциональной. Достаточно упомянуть способность к росту, регенерации, морфогенезу, термо- и гидроизоляции и т. д. В. Е. Соколовым и учениками его школы были описаны и изучены также неспецифические и специфические кожные железы, их секреторная активность, состав и функции выделяемых продуктов.
Несомненны успехи в возглавляемом В. Е. Соколовым научном направлении по изучению обонятельных коммуникаций животных, которые имеют как чисто научное, так и прикладное значение. Были синтезированы видовые феромоны для нескольких групп животных (грызунов, копытных).
Число публикаций «школы Соколова», описывающих структуру и разнообразные функции кожных покровов, превышает сотню. Здесь не только тезисы, статьи, обзоры, руководства, но и несколько монографий. Книга Владимира Евгеньевича «Кожный покров млекопитающих» (1973) удостоена премии А. Н. Северцова (1975) и переведена на английский язык (1982). Сдана в печать большая рукопись, обобщающая последние результаты в этой области. Работу над текстом будущей книги Владимир Евгеньевич закончил незадолго до смерти.
Изучение В. Е. Соколовым поведения животных, его работы в области этологии были связаны в свою очередь с проблемами экологии и охраны животных, хемокоммуникацией и систематикой. Владимир Евгеньевич неоднократно отмечал, что многие формы поведения животных отчетливо видоспецифичны (особенно в сфере размножения, пищедобывания, коммуникации). Знание этих форм (их наблюдение, регистрация, моделирование) помогает понимать механизмы поддержания устойчивости как отдельной особи, так и всего вида или даже многовидового сообщества. Для целого ряда видов (грызунов, хищных, копытных и т. д.) были составлены специальные схемы поведенческого репертуара – этограммы. При этом среди объектов было много редких, скрытно живущих форм, прямое наблюдение за которыми в природе затруднено. Широко использовались разнообразные типы индивидуального мечения, радиопрослеживание,