Королева Маргарита Анжуйская, жена Генриха VI, решила, что наряду с колледжем короля должен существовать и колледж королевы – «во славу женского пола». Так в 1448 году возник Квинз-колледж. В нем сохранилось одно из замечательных строений из дерева – Президентская галерея, построенная в 1540 году в духе архитектуры восточной Англии. В этом колледже жил Эразм Роттердамский, который, правда, не был доволен условиями в нем, в особенности едой и пивом. Колледж знаменит своим мостом через реку Кем (1749), собранным без единого гвоздя и получившим название «мост математиков».
Большую роль в истории Кембриджа сыграл Джон Фишер, который был вице-канцлером университета в 1501 году, а затем президентом Квинз-колледжа. Как духовник леди Маргарет Бофорт, матери будущего короля Генриха VII, он вдохновлял ее на то, чтобы быть бенефактором университета. Она перестроила маленький колледж, который назывался до этого Годсхауз (Дом Бога), в большой колледж на 60 феллоуз – так возник Крайст-колледж. Фишер также надоумил Маргарет Бофорт перестроить древнюю больницу Сент-Джонс в колледж, который стал называться, как и госпиталь, Сент-Джонс – один из самых элегантных колледжей Кембриджа. Этот колледж стал центром ренессансных исследований в университете.
Статус колледжа был очень строгим. Студентам запрещалось выходить в город чаще, чем два раза в неделю. Колокол, сохранившийся от госпиталя, будил студентов в 4 часа утра. Но зато колледж обеспечивал студентам питание и тепло вокруг камина в обеденном холле.
Другой колледж, основанный монархической властью, а именно королем Генрихом VIII, был колледж Тринити (1546). Он возник на месте двух несохранившихся колледжей – Михаэльхауза и Кингз Холла. Этот колледж по своему статусу получил широкое поле деятельности. Он должен был быть колледжем «по литературе, науке, философии, искусству и священной теологии». Этот колледж отличался от других большим количеством студентов – 60, таким же, как и количество феллоу. Это позволяло Тринити иметь широкую систему тьюторинга. Благодаря патронажу Томаса Навилла, фаворита королевы Елизаветы, колледж получил большие владения и обладал самой большой территорией по сравнению с другими колледжами Кембриджа и Оксфорда. Навилл был мастером колледжа с 1593 по 1615 годы, и ему колледж обязан многими инновациями. В 1690 году архитектор Кристофер Ренн, создатель собора Св. Павла в Лондоне, строит на территории колледжа библиотеку, получившую название «Библиотеки Ренна». В ней хранятся ценнейшие рукописи, ранние издания пьес Шекспира, рукопись книги Александера Милна «Винни-Пух». Среди знаменитых студентов колледжа был Исаак Ньютон, который учился и работал здесь в период с 1661 по 1696 годы, а также поэты Теннисон, Байрон и Драйден.
Королева Елизавета также проявила личный интерес к Кембриджскому университету.