А.Х. Қасымжанов 1994 жылдан ғұмырының соңына дейін әл-Фараби атындағы ҚазҰУ-дың философия және саясаттану факультетінде философия және әлеуметтік таным методологиясы кафедрасына жетекшілік етті.
2000 жылы қараша айының 2 жұлдызында үлкен ғалым, ойшыл, философ, ұстаз А.Х. Қасымжанов өмірден өтті. Әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университеті А.Х. Қасымжановтың жетпіс жылдығына орай 2001 жылы Алматы қаласында «ХХІ ғасыр – ұлы дәстүрлерді түсіну уақыты» атты ауқымды ғылыми халық- аралық конференция ұйымдастырды. Бұл ғылыми жиынға АҚШ, Мажарстан, Испания, Иран, Түркия, Өзбекстан, Қырғызстан, Тәжікстан т.б. республикалардың ғалымдары қатысты.
2003 жылдан бастап Ағын Хайроллаұлының шәкірті, профессор Жақыпбек Алтаевтың ұйымдастыруымен «Қасымжанов оқулары» атты халықаралық ғылыми конференцияны өткізуді дәстүрге айналдырды. Конференция ұлы философтың туған күніне орайластырып, 2 жылда бір рет тұрақты өткізіліп келеді. Бұл – Ұстазға деген құрмет, әрі ғылым дамуына қосылып жатқан үлкен үлес. Бірінші Қасымжанов оқулары «Адамның өзін-өзі рухани анықтауы және қоғам» (2003 ж.), Екінші Қасымжанов оқулары «Философия тарихы: классика және қазіргі уақыт» (2005 ж.), Үшінші Қасымжанов оқулары «Әл-Фараби мәдениет тарихында» (2006 ж.), Төртінші Қасымжанов оқулары «Философия. Мәдениет. Ойлау» (2008 ж.), Бесінші Қасымжанов оқулары «Жастар. Руханилық. Интеллектуалды ұлт» (2011 ж.), Алтыншы Қасымжанов оқулары «Түркі дүниесінің рухани бастаулары» (2013 ж.) тақырыбында көлемді мәселелер хталқыланды. Бесінші Қасымжанов оқулары ғалымның 80 жылдық мерейтойына арналды.
А.Х. Қасымжанов еңбектері қазақ, орыс тілдерінде сондай-ақ ағылшын, араб, поляк, португал, фин, француз, чех тілдерінде шықты. Оның негізгілері Одақтың «Мысль», «Наука», «Политиздат», «Прогресс» атты баспаларында кең көлемде жарық көрді.
А.Х. Қасымжановтың негізгі философиялық еңбектері: «Проблема совпадения диалектики» (1966), «Как читать и изучать Философские тетради В.И. Ленина» (Мәскеу, 1968), «Круги в познании» (А. Келбұғанов, К. Сатыбалдина. Алматы, 1975), «К вопросу о диалектике», «Качество» («Философиялық энциклопедия», 1962. 2 томдық Қазақ Совет энциклопедиясы 1972 ж. қазақ тілінде), «Араб философиясы», «Әл-Фараби», «Голландия философиясы», «Гуссерль», «Ғалым», т.б. Б.Г. Ғафуровпен «аль-Фараби в истории культуры» (М, 1975), А. Кельбұғановпен «О культуре мышления», Д.М. Мажиденовамен «Очарование знания» (Алматы, 1997) «Эстетические взгляды аль-Фараби» (М., 1997) жұмыстарын жазды.
1982 жылы Мәскеу қаласында «Мысль» баспасынан А.Х. Қасымжановтың «Аль-Фараби» атты кітабы 50 мың тиражбен басылып, көпшілікке кеңінен танымал болды. Кейіннен бұл кітап 1997 жылы «Қазақ университеті» баспасынан қайта жарық көрді.
«Қазақ» (1994 ж.), «Портреты: штрихы к истории степи» (1995-1997 жж.) қазақ-орыс тілдерінде басылып шығады. Ғалымның «Стелы Коша-Цайдам» (1998 ж.), «Портреты, степь