1960 жылы Мәскеу қаласында КСРО Ғылым Академиясының Философия институтында «В.И. Лениннің «Философиялық дәптерлеріндегі» диалектика, логика және таным теориясының сәйкес келуі мәселелері» атты тақырыпта кандидаттық диссертациясын қорғады.
1962 жылы қазақтың жас ғалымына үлкен сенім артылып, А.Х. Қасымжанов бес томдық философиялық энциклопедия авторларының біріне айналды. Редакция құрамында сол кезеңдегі ірі кеңес философтары В.Ф. Асмус, М.Т. Иовчук, Б.М. Кедров, Е.П. Ситковский, т.б. ғалымдар болған еді. А.Х. Қасымжанов сол ғалымдармен тең, тіпті жоғары деңгейде ғылыми мақалалар жазды. Бірнеше жыл бойы «Философия ғылымдары» журналының редакциялық кеңесінің мүшесі болды.
1963-1966 жылдары ҚазММУ-дың доценті. 1966-1976 жылдары ҚазКСР Ғылым академиясының Философия институтында «Философия тарихы және Қазақстандағы қоғамдық-саяси ойлар» бөлімінің меңгерушісі болып қызмет атқарды. 1969 жылы А.Х. Қасымжанов Мәскеу қаласында «Диалектиканың логикалық аспектілері» атты тақырыпта докторлық диссертациясын қорғайды. Ал 1970 жылы ҚазКСР Ғылым академиясының ең жас корреспондент-мүшесі болып сайланады.
Осы жылдары А.Х. Қасымжанов тұңғыш рет әл-Фараби мұраларын зерттеу мақсатында ғалымдар тобын ұйымдастырып, соның арқасында көптеген іргелі еңбектері жарық көреді. «Философия тарихы және Қазақстандағы қоғамдық-саяси ойлар» бөлімі жанынан құрылған топқа А.Х. Қасымжанов жетекшілік етіп, боған алғашқыда арабтанушы Ильяс Омар Мұхаммед (Иран), еуропа тілдерінің маманы Б.Я. Ошерович, шығыс математикасының маманы А.Қ. Көбесов, кейіннен келіп қосылған арабтанушылар А.С. Иванов, К.Х. Таджикова, Н. Караев, әуел баста мәскеулік атақты арабтанушылар Б.Г. Ғафуров, А.В. Сагадеев кірген болатын. Осы ғылыми-шығармашылық топтың арқасында ұлы ғұлама философ әл-Фарабидің шығармашылығымен, қолжазбаларымен мұқият танысуды мақсат тұтқан зерделі зерттеулер басталып кетті. Алғаш рет әл-Фарабидің «Философиялық трактаттары», «Әлеуметтік-этикалық трактаттары», «Логикалық трактаттары», «Математикалық трактаттары», сондай-ақ «Птоломейдің «Алмагесіне» әл-Фарабидің түсініктемесі» («Комментарии аль-Фараби к «Алмагесту» Птоломея») атты шығармалары қазақ-орыс тілдерінде жарық көрді. Ағын Қасымжанов бастаған ғылыми топтың орасан зор ғылыми ізденістерінің нәтижесінде әл-Фарабидің 30-ға жуық ғылыми еңбектері жарыққа шығып, қалың оқырманға танымал болды. Осы аудармалардың көмегімен әл-Фарабидің еңбектері ғылыми-көпшілік оқырмандарға жетіп, оларға барлық жерде сілтеме жасалына бастады.
А.Х. Қасымжановтың ұйымдастыруымен 1975 жылы Әбу Насыр әл-Фарабидің 1100 жылдығына арналған үлкен халықаралық ғылыми конференция