Пребывая управителем дел Московского княжества в течение почти восемнадцати лет, митрополит Алексий проявил себя мастером политической интриги. Ему удалось добиться в Орде выдачи ярлыка на великое княжение владимирское двенадцатилетнему Дмитрию Ивановичу. Татары же силой выбили из Владимира засевшего там великого князя суздальского Дмитрия Константиновича и отдали город москвичам.
Споры с удельными князьями митрополит решал просто и скоро – при малейшем неповиновении он приказывал затворять церкви и не служить службы на землях строптивцев. Для эпохи Средневековья это был жестокий удар! Главным помощником Алексию в подобных политических делах стал игумен Троицкого монастыря Сергий Радонежский.
Суздальский великий князь отступил прежде других и согласился выдать свою дочь Евдокию за Дмитрия Московского, тем самым отказавшись от претензий на владимирское великое княжение. Но другие князья, особенно тверские, не желали мириться с властью Москвы. Пришлось митрополиту организовывать военные походы против строптивцев. Опасаясь ответных нападений, Алексий посоветовал Дмитрию укрепить город – так в 1367–1368 гг. в Москве был возведён первый каменный Кремль.
В 1368 г. митрополит Алексий затеял одну из самых скандальных в истории средневековой Руси интриг. Он вызвал к себе в палаты для церковного суда главного врага Москвы тверского великого князя Михаила Александровича. Когда тот явился, положившись на митрополичье слово и крестное целование старца, Алексий повелел бросить Михаила и его бояр в темницу. Уверенные в том, что узникам на волю уже не вырваться, московские бояре бросились делить между собою тверские земли. Однако неожиданно явился ордынский посол и повелел немедля освободить тверичан! Алексию пришлось повиноваться.
Но тут в свару вмешался опаснейший враг – литовский князь Ольгерд. Осенью 1368 г. литовцы устроили ужасный погром московским землям. Молодой великий князь и митрополит отсиделись за каменными стенами Кремля.
Алексий только и смог, что отлучить от церкви всех, кто участвовал в этом кровавом братоубийственном походе. Правда, здесь он тоже получил неожиданный отпор. Обиженные напрямую обратились к константинопольскому патриарху Филофею с требованием низложить митрополита всея Руси за незаконные отлучения. Константинополь встал было на сторону Алексия, но в конечном итоге для успокоения Литвы вынужден был утвердить окончательное расчленение русской церкви на три митрополии. Организованный и утверждённый интригами византийцев раскол сохранился по сей день и активно используется всевозможными националистами и авантюристами в корыстных целях.
Как бы там ни было, но, по признанию большинства отечественных историков, в начале 1370-х гг., под руководством