Москва, тем временем, занята поляками, ведь номинально царем становится пятнадцатилетний Владислав Ваза, сын польского короля. Он избран, но не коронован. Здесь, еще относительно самостоятельная православная церковь показывает себя с наилучшей стороны; патриарх Гермоген, вначале лояльный к иноземному правителю, осознав замыслы оккупантов, освобождает народ от присяги, рассылает из Москвы грамоты с воззваниями к сопротивлению. Грамоты находят отклик, прежде всего, в Рязани, где формируется первое народное ополчение. Поляки посылают на подавление восстания и разорение рязанских городов, зависимых от них козаков Малороссии. Часть из них погибает, часть – переходит на сторону народного ополчения. Между тем, на борьбу поднимается и Нижний Новгород; формируются два основных центра сопротивления. В середине марта 1611 года их силы соединяются под Москвой, увеличиваясь до ста тысяч человек. Окуппационные силы – пять тысяч поляков, две тысячи немцев, проводят в городе масштабные репресии, поджигают дома, чтобы справиться с возмутившимся народом еще до начала штурма – от огня и стали погибает около семи тысяч жителей. В союзе с поляками состоят некоторые русские бояре, и, зависимые от них дворовые холопы.
Штурмовать высокие белокаменные стены ополчение не решается, создает свой Земский собор и системы государственной власти. Однако, между двумя силами – дворянством, стремящимся восстановить государственность и крепостнические порядки, и казачеством, желающим сохранить свои вольности, возникает некий разлад. Этим пользуются поляки: их подложные грамоты свидетельствуют о том, что рязанский вождь ополчения Ляпунов настроен казачество уничтожить. Казаки вызывают его «на круг», где без разбирательств и суда, на чистых эмоциях убивают главу восставших. Как следствие, большинство дворян покидает лагерь. Умирающий от голода в столице (темница Чудова монастыря), патриарх Гермоген призывает народ теперь не подчиняться распоряжениям подмосковных воевод Д. Трубецкого и И. Заруцкого. Впрочем, архимандрит влиятельного Троице-Сергиевого монастыря Дионисий выступает за сплочение именно под их началом. Крупный казачий отряд остается на осаде Москвы до середины лета 1612 года, но, при подходе отрядов второго ополчения, бежит в рязанские земли, Астрахань, и в дальнейших боевых действиях с интервентами не участвует. У Заруцкого есть некий козырь – Марина Мнишек с сыном Лжедмитрия Второго, атаман желает впоследствии его использовать в своих целях. У стен столицы остаются силы Трубецкого, непосредственно в убийстве Ляпунова не замешанного.