С изгнанием персидского флота война не закончилось. На суше боевые действия еще шли полным ходом, и вскоре Греция узнала о громких победах своего сухопутного воинства при Платеях и Микале. По-прежнему успешно продолжал действовать и союзный флот, возглавляемый теперь спартанцем Левтихидом. Афинские же триеры возглавил бывший помощник Фемистокла в Саламинском бою Ксантип.
Сам же Фемистокл более участия в сражениях не принимал, сосредоточив отныне свой авторитет, опыт и силы на восстановлении Афин и укрепление их стен. Особое же внимание, верный своей морской идее, Фемистокл уделял порту Пирею. Поэт Аристофан однажды сказал, что Фемистокл привязал Афины к Пирею, а море к городу. Именно Фемистоклу принадлежит идея создания мощных оборонительных стен от Афин к Пирею, дававших возможность даже при осаде не быть отрезанными от моря. Собрание же и поручило Фемистоклу воплотить свою идею в жизнь, что он блестяще исполнил, создав небывалые в то время по длине крепостные стены. Именно благодаря Саламину Афинам удалось установить господство над Геллеспонтом. Именно благодаря настойчивости Фемистокла караваны греческих судов ворвались в Понт Эвксинский. Началось энергичное заселение старых и создание новых приморских колоний. Афины постепенно становились первой морской и торговой державой мира, не знающей ни достойных соперников, ни достойных врагов на всех морях.
Обеспечив своему городу военное могущество на море, бывший наварх, несмотря на продолжение войны, упорно и последовательно закладывал фундамент его будущего всемирного морского торгового господства.
Именно об этом периоде времени скажет позднее не менее выдающийся политический и морской деятель Афин Перикл: «Мы нашей отвагой заставили все моря и все земли стать для нас доступными. Мы везде соорудили вечные памятники содеянного нами добра и зла».
Как всегда, Фемистокл при достижении поставленных целей в средствах не стеснялся, действуя по принципу «цель оправдывает средства». На высшие должности в Афинах он смело выдвигает своих воспитанников – бывших триерных клевестов и рулевых, триерархов и простых матросов. Власть, влияние и богатства Фемистокла повышаются и растут день ото дня.
Для достижения афинской гегемонии на море Фемистокл, казалось, был готов пойти на все. Плутарх пишет на сей счет: «…Он питал еще более широкие замыслы в отношении морского могущества Афин. После отступления Ксеркса флот эллинов, войдя в Пагасийскую гавань, зимовал там. И вот, Фемистокл, выступив перед афинянами в народном собрании, заявил, что им задумано некое дело, для них полезное и спасительное, но не подлежащее широкой огласке. Тогда афиняне приказали ему сообщить о деле лишь одному Аристиду и исполнить свой план, если последний выразит одобрение, после чего Фемистокл объявил Аристиду, что он