В новой, каменной церкви справа от входа имелась доска со свидетельствованием: «Во имя Господне основание фундамента сего Святаго Храма Живоначальной Троицы Святыя великомученицы Екатерины положено при державе благочестивейшая самодержавнейшая великая государыни императрица Анны Иоановны самодержицы всероссийская в 4-ое лето Благочестивыя Державы Царства Лето Господне 1733 года августа 16 дня при управителе Дмитрии Парфенове и мастере Бланке».
Здание имело деревянные перекрытия и деревянные части купола и чуть больше, чем через сто лет потребовало капитального ремонта. А. И. Резанов, руководивший работами в 1851–1854 гг., бережно отнесся к первоначальному облику. Здание раннего барокко сохранило в целом свой вид, лишь внутреннее пространство увеличилось за счет замены деревянных конструкций кирпичными сводами. Вокруг церкви располагались дома клира, до середины XIX в. также и кладбище (позже перенесено). Построена была каменная часовня, а впоследствии и церковно-приходская школа.
По мнению Т. И. Николаевой, деревянный царский дворец просуществовал в Красном Селе до конца XVIII в. Сохранилась смета конца века, предполагающая «разломку дворца со службами, с разработкою материалов в дело годных особо, а гнилых лесов тоже особо и с очисткою места».
О судьбе Красного Села мы также можем судить из документов конца XVIII в. В частности, оно упоминается в переписке И. И. Бецкого и Екатерины II. В годы ее царствования шла длительная реформа управления всеми видами государственного имущества. Нехватка средств на грандиозные строительные проекты заставляла искать пути более эффективного управления землями и крестьянами, к ним прикрепленными. Красное Село под руководством энергичного управляющего Федота Удалова в это время является одним из примеров исключительно выгодного и прибыльного хозяйствования, приносящего хорошие доходы. А находящееся рядом Царское Село с его строительством и сложным хозяйством требовало значительных сумм: «на содержание всех дворцовых строений во всегдашней целости и исправности» требовалось не менее 25 тысяч рублей в год. Бецкой предложил