Начался новый, павловский период во внешней и внутренней политике России. Указом от 12 декабря 1796 года были упразднены наместничества и наместнические генерал-губернаторские структуры в большинстве центральных русских областей и сам термин «наместничество». Губернии Пермская и Тобольская остались в своих границах. Были смещены со своих постов почти все губернаторы, за исключением двоих, в числе которых оказался и К. Ф. Модерах. Горнозаводские функции Пермской казенной палаты были переданы в Петербург в возрожденную Берг-коллегию, а Горная экспедиция возвращена в Екатеринбург под названием «Канцелярия Главного правления заводов Урала». Были смещены приоритеты в государственных стройках и уменьшено пермское финансирование. К. Ф. Модерах и П. Т. Васильев с полученным столичным опытом продолжили придание Перми столичного облика.
Короткое павловское правление сменилось правлением Александра I, при котором осуществлялся частичный возврат к екатерининским идеям. В 1802 году Канцелярия Главного правления заводов Урала была разделена на Екатеринбургское, Гороблагодатское и Пермское «горные начальства», которые, в свою очередь, были упразднены в 1806 году, а их функции переданы образованному Пермскому горному правлению. Навсегда закрывалась Берг-коллегия с передачей ее функций горному департаменту Министерства финансов. Возрождалась идея объединения губерний в генерал-губернаторства, но без екатерининского русского названия «наместничество». В 1804 году было образовано генерал-губернаторство Пермское и Вятское. Пермь оказалась в географическом центре этого административно-территориального образования. На должность генерал-губернатора Пермского и Вятского был назначен К. Ф. Модерах, на которого возлагалось и руководство продолжившимся строительством Северо-Екатерининского канала. Приоритет в достраивании был отдан Мариинскому и Тихвинскому каналам, и уже в 1810 и в 1811 годах, соответственно, по этим каналам суда Волжского бассейна проходили на Балтику. Северо-Екатерининский канал был пущен в эксплуатацию в 1822 году.
В 1811 году К. Ф. Модерах был переведен в Петербург сенатором, а генерал-губернаторство упразднено. Прощалась с ним вся Пермь под колокольный звон всех храмов. В Перми им были построены дренажная система и ливневая канализация, дороги и тротуары, каменная набережная, много новых зданий, архитектурных и парковых ансамблей, выровнены улицы в соответствии с генеральным планом Комиссии каменного строения Санкт-Петербурга и Москвы. С момента утверждения этого плана в 1784 году, и в особенности при К. Ф. Модерахе, а также после него,