На следующий день, как опекун и арбитр, он подтвердил от имени римского народа завещание покойного царя, приказал, чтобы Птолемей и Клеопатра правили вместе, и уступил остров Кипр младшим детям Авлета, Птолемею и Арсиное. Эта жертва вывела его из опасности, и гнев египтян утих. Но через несколько дней коварный Потин вновь разжег их ярость; он нашел способ убедить их, что Цезарь обманывает их, что он хотел лишь выиграть время, и что его план заключался в том, чтобы погубить царя и его сторонников, чтобы подчинить Египет тирании Клеопатры.
Народ снова восстал: Ахилла во главе армии выступил из Пелузия и поспешил сразиться с Цезарем, который сумел отразить их натиск с небольшим отрядом храбрецов, которыми он командовал. На него также напали с моря; но он сжег египетский флот и захватил башню Фароса. Огонь с кораблей перекинулся на город и уничтожил знаменитую библиотеку, в которой хранилось четыреста тысяч томов. Цезарь, окруженный и теснимый со всех сторон, отправил за помощью в Азию: в ожидании подкреплений он укрепился в районе дворца, а театр использовал как крепость.
Цезарь держал молодого царя под стражей; он обнаружил, что Фотин вел переписку с армией, и приказал его казнить.
Другой евнух по имени Ганимед, фаворит царя, опасаясь той же участи, похитил принцессу Арсиною из дворца и доставил ее в армию: там он распространил подозрения против Ахиллы, которого убил, и, избавившись от этого соперника, занял его место. Ганимед довольно умело вел войну: он перекрыл все каналы, по которым вода поступала в Александрию; этим он вызвал бунт среди римских войск, что поставило Цезаря в крайне опасное положение; но тот вырыл колодцы, нашел источники воды и усмирил мятежников. Тем временем Кальвин прибыл из Азии с легионом. Ганимед попытался помешать их соединению; но был разбит в морском сражении. Не пав духом, он снарядил другой флот и сумел войти в гавань Александрии.
Цезарь затем атаковал остров Фарос. В этом случае удача отвернулась от него: его отбросили; он потерял восемьсот человек; его корабль был разбит и затонул, и его гибель казалась неизбежной; но он, в полном вооружении, бросился в море и сумел доплыть до берега. Никогда он не был в большей опасности и не проявлял большего мужества: ведь, борясь одной рукой с волнами, другой он держал над водой и сохранял важные документы.
Египтяне тогда предложили ему мир при условии, что он вернет им их царя. Цезарь согласился; Птолемей, покидая его, со слезами на глазах пообещал быть верным договору; едва обретя свободу, он встал во главе своей армии и снова начал войну. Его флот был разбит при Канопе, и вскоре Цезарь перестал опасаться