С именем М.М. Агаркова связано создание теории обязательства в советском праве. Руководствуясь марксистско-диалектическим методом, он по-новому поставил и разрешил вопросы об основаниях возникновения обязательств в советском праве, о структуре обязательства, о санкции в обязательстве, дал единственную в нашей литературе классификацию целей в обязательствах. Михаил Михайлович разработал вопрос о значении вины в советском гражданском праве, о разграничении деликтной и договорной ответственности, о смешанных институтах и т. д. Государственное социалистическое планирование народного хозяйства наряду с социалистической собственностью принадлежит к основным моментам, определяющим собой советское гражданское право. Михаил Михайлович первый поставил вопрос о влиянии плана на гражданско-правовые отношения социалистического общества, выдвинул ряд теоретических положений о значении актов планирования и регулирования народного хозяйства в советском гражданском праве.
Многие обогатившие нашу науку теоретические положения, впервые выдвинутые и в трудах М.М. Агаркова, получили общее признание и имеют большое значение не только для теории гражданского права, но и для советской науки права вообще. Они оказались весьма плодотворными в том смысле, что подверглись дальнейшей разработке и развитию в трудах учеников Михаила Михайловича и других советских ученых.
Ряд положений М.М. Агаркова перешел в учебники и в учебные пособия, использован в нормативных актах и руководящих указаниях Пленума Верховного суда СССР, оказал влияние на нашу судебную и особенно арбитражную практику.
Весьма значительны заслуги М.М. Агаркова в области подготовки юридических кадров. Свыше 30 лет своей жизни он отдал преподавательской деятельности в высшей школе. В 1916 году двадцатишестилетний приват-доцент М.М. Агарков начал читать курс торгового права на юридическом факультете Казанского университета и курс гражданского права на Высших женских курсах в Казани. С тех пор Михаил Михайлович в качестве профессора и заведующего кафедрой читал лекции по гражданскому праву, общей теории права, торговому праву, банковому праву, иностранному гражданскому праву в ряде вузов нашей страны – в Иркутском и Саратовском университетах, в Плехановском институте, в Промышленно-экономическом институте, на внешнеторговом факультете Института им. Нариманова, во Всесоюзной правовой академии, в Московском юридическом институте, в Академии внешней торговли. Последние годы педагогическая работа Михаила Михайловича была сосредоточена на юридическом факультете Московского государственного университета им. Ломоносова, где он заведовал кафедрой гражданского права, и в Академии общественных наук при ЦК ВКП(б), где он состоял профессором кафедры