На границах Прибалтики была сосредоточена советская военная группировка, основу которой составляли 3-я, 8-я и 11-я армии. Ее численность, с учетом развернутых в Литве, Латвии и Эстонии корпусов, достигала 541,7 тыс. человек; на вооружении имелось 7 158 артиллерийских орудий и минометов, 3938 танков, 720 бронемашин и 2516 самолетов.[163] 3 июня 1940 г. нарком обороны СССР С. К. Тимошенко «в целях объединения руководства войсками» выделил в свое непосредственное подчинение воинские контингенты РККА в Эстонии, Латвии и Литве из состава войск Ленинградского, Калининского и Белорусского военных округов.[164] 13 июня в войска поступила директива Политуправления РККА № 5258/сс от 10 июня, разъясняющая цели и задачи предстоящей операции, в которой отмечалось: «Мы хотим обеспечить безопасность СССР, закрыть с моря на крепкий замок подступы к Ленинграду, нашим северо-западным границам. Через головы правящей в Эстонии, Латвии и Литве антинародной клики мы выполним наши исторические задачи и заодно поможем трудовому народу этих стран освободиться от эксплуататорской шайки капиталистов и помещиков».[165]
14 июня 1940 г. советское правительство предъявило ультиматум Литве, а 16 июня – Латвии и Эстонии, в которых требовалось привести к власти дружественные Москве правительства и допустить на территорию этих государств новые контингенты советских войск. Требования под угрозой силы были приняты, сопротивления дополнительному вводу советских войск, проходившему 15–21 июня, оказано не было;[166] по прибалтийским городам прокатились массовые митинги в поддержку смены режимов. Власти, включая президентов К. Улманиса и К. Пятса, а также и. о. президента Литвы А. Меркиса, в целом сотрудничали с советскими представителями (А. Сметоне удалось бежать в Германию). С 21 июня управление 11-й армии разместилось в Каунасе, 3-й армии – в Риге, 11-й армии – в Тарту, при этом командованию по-прежнему запрещалось вмешиваться в политику.[167] Политическими аспектами выполнения советских требований занялись специальные представители в статусе уполномоченных правительства СССР: В. Г. Деканозов (в Литве), А. Я. Вышинский (в Латвии) и А. А. Жданов (в Эстонии).
Несмотря на то, что в политически ангажированных оценках действий Кремля, звучащих из уст многих западных и прибалтийских официальных лиц, историков и публицистов, постоянно используется словосочетание «советская оккупация», оно не имеет под собой международно-правовых оснований: в июне 1940 г. на территории Литвы, Латвии и Эстонии не было ни военных действий враждующих