Накануне неизбежного драматического столкновения СССР и Германии, отсроченного в августе-сентябре 1939 г., Прибалтика оказалась в советской «сфере интересов», что на практике означало готовность СССР настоять на заключении со странами региона договоров о взаимопомощи для охраны их границ наряду со своими, с использованием ограниченных контингентов РККА и КБФ. Первоначально секретные договоренности были достигнуты в следующей формулировке: «В случае территориально-политического переустройства областей, входящих в состав Прибалтийских государств (Финляндия, Эстония, Латвия, Литва), северная граница Литвы одновременно является границей сфер интересов Германии и СССР. При этом интересы Литвы по отношению к Виленской области признаются обеими сторонами».[125]
После достижения советско-германских договоренностей, включавших в себя распределение зон влияния в Прибалтике, и начала Второй мировой войны одним из аспектов «размежевания» в регионе стал «вопрос балтийских немцев». Сталинское руководство считало важным маркером соблюдения Берлином секретных договоренностей его активность по эвакуации немецкой диаспоры из Эстонии и Латвии. В среде балтийских немцев были сильны симпатии к национал-социалистам, действовала разветвленная сеть организаций, связанных с НСДАП, германской военной и политической разведкой. Как отмечается в современной латышской историографии, под контролем или сильным воздействием нацистов находились «Балтийское братство», «Балтийское объединение», «Немецкое культурное общество», «Народное объединение балтийских немцев в Латвии». Большое влияние на воспитание молодежи немецкого происхождения и распространение нацистской пропаганды оказывала группа адвоката Э. Крёгера, который лично участвовал в слетах НСДАП в Германии и сотрудничал с немецкими спецслужбами.[126] Латвийское руководство в конце 1930-х гг. занимало противоречивую позицию в отношении активности балтийских немцев: с одной стороны, ставилась задача по снижению их влияния на общество и экономику страны (при этом Полит управление внимательно следило за умонастроениями в местной немецкой среде), с другой стороны, реальных действий по преследованию пронацистских организаций и агитаторов не велось из-за опасений «внешнеполитических осложнений».