Из состава гарнизона ВМБ были сформированы отряды моряков, которые приняли участие в боях за город. 24 июня отряды моряков несколько раз контратаковали противника в районе Гробиня. Эсминец «Ленин», подводные лодки С-1, М-71, М-80, «Ронис», «Спидола» стояли в ремонте на заводе «Тосмаре». Корабли не могли выйти в море. 24 июня около 18.00 противник начал атаку на восточном участке фронта, наши войска стали отходить к заводу «Тосмаре», возникла угроза захвата кораблей. Тогда командир «Ленина» капитан-лейтенант Ю.М. Афанасьев, как старший группы ремонтирующихся кораблей, приказал взорвать эсминец и подводные лодки. На них подняли сигнал «Погибаю, но не сдаюсь!». В ночь на 25 июня корабли были подорваны. Их экипажи влились в ряды защитников Либавы. Впоследствии за этот приказ, отданный без согласования с командиром базы М.С. Клевенским, Ю.М. Афанасьева расстреляли, обвинив в паникерстве.
С приближением противника к городу 24 июня в бой вступили 130-мм батареи береговой обороны. Батарея № 27, расположенная южнее Либавы, открыла огонь по колонне танков в районе хутора Бернати и уничтожила несколько машин, батарея № 23, расположенная севернее Либавы, вела огонь по скоплению танков и пехоты противника в районе Гробиня.
Береговые батареи сильно мешали продвижению противника, поэтому немцы неоднократно подвергали их ударам с воздуха. Батареи имели лишь по одному комплекту боезапаса (1300 снарядов) и к 26 июня на них оставалось по 10 снарядов на пушку, на зенитных батареях – 30 % боезапаса.
Вечером 26 июня командиры 67-й дивизии и Либавской ВМБ на основании приказов приняли решение на совместный отход на Виндаву. 27 июня в 2.30 береговые батареи, расстреляв боезапас, были взорваны, а в 3.00 начался прорыв защитников города из Либавы. Последним из порта в 4.00 вышел транспорт «Виениба» с семьями военнослужащих и ранеными под конвоем трех торпедных катеров. Между Либавой и Ужавой транспорт и ТКА № 27 были потоплены авиацией противника. На шлюпке спаслось 25 человек, остальные погибли. В этом же районе ТКА № 17 и 47 выдержали бой с шестью немецкими торпедными катерами. В бою ТКА № 47 получил тяжелые повреждения и оставлен командой. ТКА № 17, на котором находился командир базы М.С. Клевенский со штабом, прорвался на о-в Сарема.
К этому времени основные силы 8-й армии отошли к Риге. 30 июня основная часть войск 67-й дивизии вышла к Западной Двине и присоединилась к частям армии.
Следует отметить, что с 23 по 26 июня командир Либавской ВМБ получил от командования флотом три взаимоисключающих приказа: 23 июня – в случае отхода Красной Армии – отходить; 25 июня – Либавы не сдавать; 26 июня – немедленно отходить.
Итак, в первые дни войны КБФ потерял в Либаве эсминец, пять подводных лодок, около 15 тыс. т топлива, 146 торпед, 3532 мины и минных защитника, 51 трал, около 3000 глубинных бомб. Вот что значит не учитывать уроки истории.
Начало Великой Отечественной войны на Рижском рейде