Командованием КБФ район Моонзундских островов предполагалось использовать как базу для легких сил флота, он был удобен для базирования кораблей до крейсеров включительно. С этой целью в Рохукюля было начато строительство маневренной базы. В феврале 1941 г. был произведен промер и обвеховывание Моонзунда и написано наставление для плавания проливами Соэла-Вяйн и Муху-Вяйн, а также намечены дноуглубительные работы. В качестве маневренных баз могли быть использованы также порты Пярну и Курессааре. Силы, базирующиеся на порты Моонзундского архипелага и Рижского залива, могли выходить в Балтийское море через проливы Ирбенский и Соэла-Вяйн.
Однако до начала войны ничего сделано не было. Если бы часть средств, вложенных в Либаву и Ригу, были направлены в Моонзунд, события в Рижском заливе могли развиваться по другому сценарию
Береговая оборона Моонзундских островов и Рижского залива строилась с расчетом на взаимодействие с береговой обороной военно-морских баз Ханко и Либава и прикрытие минных рубежей в устье Финского залива и в Ирбенском проливе.
Строительство батарей на Моонзундских островах началось с весны 1940 г., и было рассчитано до 1944 г. и шло усиленными темпами. Так, например, 180-мм башенная батарея на полуострове Сырве (мыс Церель), защищавшая вход в Ирбенский пролив, была построена менее чем за год.
Вся береговая оборона Моонзундских островов и острова Осмуссар входила в одно соединение – Береговую оборону Балтийского района (БОБР).
За полтора года КБФ сумел создать значительную по силе систему береговой обороны в устье Финского залива, на Моонзундских островах и в Ирбенском проливе.
Предполагалось также в 1942 г. на островах Сарема и Хиума оборудовать аэродромы для базирования торпедоносной, бомбардировочной и истребительной авиации. Выгодное стратегическое расположение островов на театре позволяло тяжелой минно-торпедной авиации действовать с их аэродромов на всем Балтийском море вплоть до проливной зоны. К началу войны строительство аэродромов находилось в полном разгаре.
Сухопутная оборона островов периодически переходила из ведения НКВМФ в ведение НКО. Такое неопределенное положение мешало созданию обороны, вносило неясность в вопросы управления и организации взаимодействия. С декабря 1940 г. оборона островов Хиума и Вормси была возложена на Ленинградский военный округ, а Сарема и Муху – на Прибалтийский. К строительству инженерных сооружений на островах части Красной Армии приступили только в мае 1941 г.
Ожидая нападения