Беручи курс на остаточне приборкання Гетьманщини, Петербург змушений був рахуватись із незручною обставиною існування Війська Запорозького Низового. У XVIII столітті воно остаточно перетворилося на самостійний військово-територіальний суб’єкт. Парадокс, але Московія, для якої після виступу Мазепи Січ стала регулярним головним болем, сама стимулювала утвердження Запорожжя як окремого військово-політичного тіла. Розхитуючи український човен, Москва постійно вбивала клин між запорожцями та Гетьманщиною, чим неабияк підштовхувала процес виокремлення Війська Низового.
Після зруйнування Січі Петром Першим запорожці переходять під протекторат кримського хана, і це сприяє розвитку їх автономії. На новому місці вони позбавляються опіки та втручань з боку гетьманської влади. Разом з тим, під новим дахом, запорожці роблять усе для збереження цілісності Війська Низового як окремої суспільно-політичної одиниці. Це надавало статусу січовиків нового значення. Знову ж таки, територіальне питання потребувало дещо іншого ограновування.
«Інтереси як самих запорожців, так і “мазепинців” полягали у виведенні традиційних земель Запорожжя з-під московської руки. Запорожці міняли політичний дах разом з територіями. З’явились підстави трактувати їх як питомо запорозькі» (Дмитро Яворницький. «Історія запорозьких козаків»).
Зрікшись московської протекції, запорожці створили цікавий прецедент – міняти покровителів і йти на нові території. Таким чином Військо Низове набувало статусу повноправного політичного суб’єкта. Через цей чинник Московія вже не зможе переступити. Запорожці будуть більмом на її оці аж до остаточної ліквідації Січі. Знову ж таки, однією з найвагоміших причин знищення українського козацтва стане його економічна незалежність. Республіка та рабовласницька система жодним чином не могли гармонійно взаємодіяти.
Тарас Чухліб: «Якщо говорити і про політичний, і про економічний лад Запорозької Січі, Московського царства – це були два антиподи. Адже ми маємо самодержавство, абсолютизм і маємо військовий демократизм, де обирається отаман, де кожного року він звітується перед громадою. А звичайно, що в Росії, в Москві, цариця, яка внаслідок перевороту прийшла до влади, царює, поки не вмре, і всі слухають її слова; а хто такий отаман – це кращий серед рівних, тобто це є елемент військового демократизму».
Під кримським протекторатом запорожці швидко освоїлись і почали розливатись на навколишні території. Вони вкорінювались в Очаківському степу, гирлі Дністра, проникали на Кубань, пониззя Дунаю. На території Кримського півострова козаки заклали поселення в околицях Бахчисарая, Кафи, а на Дунаї осідали в Кілії та Рені. Частина козаків не кинула промислів на Великому Лузі. Разом з тим люди з Гетьманщини, Слобожанщини та Правобережної України заселяли північні запорозькі землі.
Попри