Внутренняя консолидация Русского государства происходила медленно, однако в первой половине XVI века процесс политической и социальной интеграции новых территорий все-таки начал набирать обороты. Все это имело большие последствия для военного устройства. То, что раньше представляло собой разрозненное множество отдельных отрядов под общим командованием, превратилось в единую армию, возглавляемую великим князем или его ставленником. Удельные и служилые князья, ранее руководившие собственными вооруженными свитами или дружинами, постепенно лишались былой независимости; региональные и даже этнические и конфессиональные различия были не так важны, как факт нахождения на службе у московского государя. К началу правления Василия III землевладельцы из различных областей Русского государства служили в армии как командирами, так и обычными конниками. Кроме того, этот интеграционный процесс укрепил связь между двором и армией. Как и при старом московском дворе, новая консолидированная элита Русского государства наибольшее внимание уделяла военным вопросам.
Последним ключевым элементом этого процесса интеграции стало развитие административной системы. Все политические вопросы Русского государства решались при дворе, где бояре и окольничие заседали с великим князем; этот ближний круг советников государя часто, хотя и не совсем точно, называется Боярской думой. В провинции проводниками центральной власти были наместники, которые с помощью местных представителей следили за соблюдением законов и выполнением фискальных, воинских и прочих обязанностей. Эти наместники тоже имели связи при дворе; фактически они и были царедворцами, выполнявшими поручение великого князя, и от их места в придворной иерархии зависели военное значение, древность и размер городов, которыми им было поручено управлять. Наместники получали эти земли «в кормление». Как уже говорилось выше, назначение московского наместника правителем новоприобретенных территорий позволяло ускорить процесс их интеграции в состав Русского государства [Dewey 1965: 21–39]. Вся эта важная деятельность, придворная политика и многое из того, чем занимались наместники, по-прежнему зависели от покровительства со стороны высокопоставленных лиц, взаимоотношений между кланами и личных связей – не в последнюю очередь с самим великим князем.
Территориальная экспансия, «разбухание» великокняжеского двора, увеличение количества наместников и рост численности армии в конце концов привели к появлению некоторых новых ведомств, в обязанности которых входило составление и хранение записей для канцелярии и двора великого князя. Эта деятельность не имела особой политической важности для придворных и бояр, и происходившее при дворе мало влияло на то, как велись архивы. Начальники приказов (дьяки), подьячие и писцы не взаимодействовали