Развитие специальных богословских исследований в академиях ставило вопрос и о некоторой специализации внутри богословских степеней. Действительно, сочетание специального развития всех наук, входящих в состав духовных академий, и монолитности богословских ученых степеней многим казалось несоответствием. Особый акцент на этом вопросе был поставлен в связи с введением в 1863 г. в российских университетах кафедр церковной истории (на историко-филологических факультетах) и церковного права (на юридических факультетах). С одной стороны, кафедры богословских наук должны были замещать выпускники духовных академий, имеющие богословские степени, с другой стороны, университетские факультеты желали иметь в своих корпорациях лиц, имевших профессиональную специализацию – историческую или правовую. Именно в эти годы шла дискуссия о том, какими учеными степенями должны обладать профессоры, преподающие эти науки на университетских факультетах: богословскими или специально-гуманитарными. Введение соответствующих ученых степеней в академиях решало бы эту проблему, добавляя к богословской учености специализацию, соответствующую профилю факультета.
Усиленная специализация, проводимая Уставом 1869 г. на всех уровнях образовательного процесса, скоро проявила как положительные, так и отрицательные стороны. Оборотной стороной углубления в конкретную область богословия как в учебном, так и в научном отношении оказалась фрагментаризация единого научно-образовательного богословия, которая в большей или меньшей степени стала проявляться и в научных исследованиях. Постепенно начал набирать силу центростремительный процесс: понимание важности целостного богословского знания, поиск взаимосвязей разных областей богословия, единых богословских методов. Тем не менее это не означало разочарования в специальных научных исследованиях, напротив, единство богословия должно ими укрепляться и обогащаться. Поэтому при разработке нового Устава духовных академий и Советы академий, и члены Комитета по разработке официального проекта вновь подняли вопрос о специализации ученых степеней.
На заседаниях Комитета этот вопрос рассматривался, как и при формировании предыдущего Устава, с двух сторон: ученые степени по небогословским наукам и внутренняя дифференциация богословских степеней.