Окончательный вариант Устава 1869 г. сохранил главные идеи специализации, положенные в основу проекта 1868 г. Однако были и изменения, причем коснулись они и направлений специализации, и научной аттестации. Определенное влияние на окончательный вариант Устава оказали идеи архиепископа Макария. Одно из его предложений – раз делить академии на научно-богословские и педагогические – было отвергнуто. При этом одним из главных аргументов был статус преподаваемых наук: в чисто богословских академиях сохраненные общеобразовательные науки оказались бы в униженном положении «вспомогательных», а в педагогических академиях трудно было бы удержать доминирующее положение богословия и, соответственно, принципы духовной школы. Казалось бы, этому противоречило возражение против введения в педагогических академиях небогословских ученых степеней: даже имея специальные факультеты, эти науки не смогут достигнуть в педагогических академиях уровня развития, дающего права на ученую степень[243]. Эта нечеткая аргументация вновь подчеркнула сложность проблемы: недостаточно определенный и продуманный смысл развития небогословских наук в духовной школе[244].
Вторая идея архиепископа Макария была принята: вместо философского отделения третьим было сделано церковно-практическое, а философия была сделана общеобязательным предметом[245]. Повышение статуса философии до общеобязательного тем не менее автоматически лишило ее специально-научного значения и, соответственно, особых ученых степеней. Ученые степени, как и прежде, могли присуждаться только по богословию. Следует отметить, что архиепископ Макарий (Булгаков), предлагавший давать ученые степени в педагогических академиях по всем наукам, после отвержения его проекта настаивал на исключительности богословских ученых степеней в академиях. Этим, по его мнению, сохранялась специально-богословская направленность духовных академий[246].
Не было введено, несмотря на специализацию отделений, и дифференциации внутри богословских степеней. Хотя сами параграфы Устава содержали некоторую неоднозначность: если во вводной главе утверждается право академий присуждать «ученые степени кандидата, магис тра и доктора богословских наук», то в специальной главе, посвященной ученым степеням, используется именование «магистров богословия» и «докторов богословия»[247]. Некоторые члены духовно-академических корпораций при введении Устава предполагали, что понятие «богословия» в данном случае