В остальных проектах духовных академий 1867 г., в том числе и в «проекте меньшинства» СПбДА, появлялась мысль о некоторой специализации наук внутри академий[233]. Совершенствуя процесс высшего богословского образования, академии должны тем не менее готовить наставников в семинарии и по общеобразовательным предметам, то есть иметь в своем составе полный набор семинарских предметов[234]. Но оставалось два вопроса: в какой мере эти науки должны присутствовать в образовании каждого студента, и как должны определяться научные перспективы этих дисциплин? Последний вопрос неизбежно подразумевал и вопрос о небогословских ученых степенях в духовных академиях. Проект КазДА конкретизировал свое предложение, предлагая предоставить духовным академиям право присуждать ученые степени магистра и доктора философии[235].
Особый Комитет, учрежденный при Святейшем Синоде для разработки официального проекта нового Устава духовных академий[236], на первых же заседаниях определил главные принципы грядущего преобразования. В числе этих принципов было введение в академиях факультетской (отделенской) системы со специализацией ученых степеней по отделениям, а в отделениях – по группам однородных наук. Реализуя эти принципы в проекте Устава, Комитет предложил ввести три отделения – специально-богословское, богословско-историческое, философское (§ 3) и ученые степени по соответствующим наукам каждого отделения («богословские науки положительные», «богословские науки исторические», «науки философские»)[237]. Предвидя обвинение во включении философии в разряд специальных наук, имеющих особое отделение и ученые степени, Комитет приводил в защиту ряд аргументов. Подчеркивалось родство богословия и философии; параллельные пути приготовления людей к принятию спасения – через Закон и Писание или через разум и философию; значение философии для первых веков христианского богословия и святоотеческой апологетики; важность и успехи философии в русских духовных академиях[238]. Однако неоднородность философского отделения была очевидна: в него были включены науки филологические. В одном из черновых вариантов это отделение так и названо – филологическим[239]. Возможно, это было наследие старой системы: