Тикшерү органнары, шулай итеп, 46 шаһиттан сорау алалар. Гаепләү ягыннан (прокурор шаһитлары) 12, Бубилар ягыннан 32 кеше шаһитлык бирә. Процесс материаллары 200–250 шәр биттән торган 12 томга җыела[141]. Тикшерү вакытында провокатор ахун Хөсәен Әбүбәкерев Бубый авылы кешеләренә: «Мәхдүмнәрнең әниләре, оныкларын җыеп, Будагоский янына килеп ялынсын, бәлки, чыгарырлар», – ди. Бубый крестьяннарыннан берәү аңа каршы: «Ай-һай, алар андый кеше түгел, аңа бармаслар», – дип җавап бирә. Тикшерү нәтиҗәсендә гаепләү акты төзелә. Габдулла һәм Гобәйдулла Бубиларга Уголовное уложениенең өч маддәсе буенча гаеп ташлана:
1. Мәктәптәге падишаһ сурәтен шәкертләргә хәкарәт кылдырган өчен (103 нче маддә. Бу маддәдә император һәм императрицаның сурәтләрен мәсхәрә итүчеләргә 8 елдан да артык булмаган каторга бирү күздә тотыла).
2. Шәкертләрне котыртып, Төркия флотына иганә җыйдырган өчен (128 нче маддә).
3. «Хәкыйкать» китабының цензурага эләккән 9 нчы кисәге өчен (132 нче маддә. Бу маддәдә властьны ихтирам итмәү, бунтовщиклык характерында булган әдәбият тарату өчен, өч елдан да артык булмаган срокка зинданга ябу күздә тотыла)[142].
Уналты ай Сарапул төрмәсендә яткан мөдәррисләргә әнә шундый гаепләү акты тапшырыла.
Без алдарак прокурор шаһитларын санап чыктык. Хәзер «Буби» тарафдарларының кайберсе белән танышу кызыксыз булмас. «Буби» мөдәррисләрен яклаган шаһитларның күпчелеге – Бубый авылы крестьяннары. 32 шаһит арасында руслар да шактый гына. Мәсәлән, Сарапул шәһәренең нотариусы, элеккеге земский управа председателе Тюнин, Сарапул сәүдәгәре, училище советы члены Ф. Н. Смагин, шәһәр училищелары инспекторы В. Ананьин «Буби» мәдрәсәсенең бөтен эшчәнлеген яклыйлар. Алар земство җыелышларында элек-электән «Буби» мәдрәсәсендәге яңа тәртипләрне мактап килгәннәр һәм земстводан бу мәдрәсәгә акча бирдертүгә дә ирешкәннәр.
Мәдрәсәдән алынган китаплар, кулъязмалар турында хәлиткеч сүзне экспертлар – профессор Н. Ф. Катанов һәм П. К. Жузе[143] әйтергә тиеш булалар. Гаепләнүчеләргә адвокат ялларга тәкъдим ителә. «Буби» мөдәррисләрен якларга Мәскәүдән присяжный поверенный, Дәүләт думасы члены Н. А. Маклаков, Казаннан присяжный поверенный А. Г. Бать, Уфадан адвокат Ибраһим Әхтәмов киләләр. Суд составы җиде кешедән торып, шуның дүртесе Казаннан (А. Г. Бать алар турында «иң карагруһчы кешеләр» ди), өчесе Сарапулдан була. Шунысы характерлы: бу өч рус (городской голова, земский управа начальнигы һәм старшина) беравыздан «Буби» мөдәррисләрен яклыйлар. Хәбәрчеләр рус шаһитларының «шәһадәтләре гаять әһәмиятле булачактыр. Алар Бубый муллаларының иректә вакытта кылган