В это же время вновь испортились отношения царя с Владимиром Старицким. Грозный видел в нем главную опасность для трона, но расправиться с ним открыто пока не мог. Однако Старицкий удел был конфискован, а Владимиру выделены земли на Волге, подальше от театра военных действий. Казнь нескольких бояр, будто бы повинных в поражениях русских войск, и переселение Старицкого князя явились прологом к установлению режима безудержного террора и всепроникающего страха. С 1565 года устанавливается опричнина.
Кровавый режим известен прежде всего опалами, пытками, кровавыми казнями, которые проводятся порой самыми изощренными методами. Из наиболее известных событий этого периода являются насильственные смерти Владимира Андреевича Старицкого и его семьи, удушение митрополита Филиппа, разгром Великого Новгорода.
В эти годы Иоанн Грозный словно сходит с ума – он становится кровавым маньяком и делает таковыми все свое ближайшее окружение, он попирает все законы и морали личной, семейной жизни, сменяя несколько жен на протяжении 10 с небольшим лет.
Все это ослабляет государство, делает его уязвимым перед недругами, чем те вскоре и воспользуются. В войну, которую до этого вели Россия и Ливония, вступают другие страны (Польша (впоследствии – Речь Посполитая), Швеция, Дания), причем не на стороне нашего государства. Силы становятся неравны.
В 1571 году на Москву совершает набег крымский хан Девлет-Гирей. В результате татары сожгли Москву и разорили значительную часть русских земель. Данный поход показал неспособность опричного войска, не сумевшего оказать достойного сопротивления силам крымского хана, противостоять сильному врагу.
Репрессии сказываются на войне, которая сперва переходит с переменным успехом, а затем и вовсе перестает быть успешной для России за исключением Псковской обороны 1581-1582 гг. Истребление правящего класса, борьба с внутренним врагом сказалось на кадровом обеспечении войск и способствовала потере сил, бодрости духа, веры в самих себя.
Вскоре Иоанн Грозный отменяет опричнину. Но уже в 1575 году он попытался вернуться к опричным порядкам, сделав великим князем всея Руси Симеона Бекбулатовича, а сам превратившись в «князя Иоанна московского».
Опричнина и Ливонская война дезорганизовали хозяйство страны. Центр и Северо-Запад были опустошены, так как война и опричный террор усилили бегство крестьян из родных мест. Правительство ответило на это введением в 1581-1582 гг. «заповедных лет», то есть временным запретом перехода крестьян к новым хозяевам. Юрьев день был отменен.
Опричнина, мало что сделавшая для усиления централизации страны, установила в ней режим страха и насилия.