Beləliklə, donanma iki batalyonla yola düşmüşdü.
1723-cü ilin iyulunda Matyuşkin imperatorun əmrini yerinə yetirmək məqsədilə Həştərxandan Bakıya yola düşür. Hərbi gəmilər Bakı sularına daxil olub, reyddə dururlar. Matyuşkin hələ Həştərxanda Rusiya ilə sülh danışıqları aparmaq məqsədilə Peterburqa gedən İran səfiri İsmayıl bəylə görüşmüş və ondan Bakı sultanı Məhəmmədhüseyn bəyin üstünə məktub almışdı. Həmin məktubda İsmayıl bəy Bakı şəhər sultanına məsləhət görürdü ki, şəhəri müqavimətsiz təslim etsin. Matyuşkin məktubu mayor Necayev vasitəsilə şəhər sultanına göndərir. Lakin Məhəmmədhüseyn bəy elçini şəhərə buraxmayıb, körpüdə qarşılayır.
Məktubu oxuduqdan sonra geri qaytarıb, deyir ki, İsmayıl bəyin məktubu onun üçün əsas ola bilməz. Çünki bu məktub Rusiyada yazılıb.
Elçi gəmiyə qayıdır. Sultan da qalaya keçir və darvazalar bağlanır. Qalanın divarları üstündə isə keşikçilər gəzişirdi. Açıq görünürdü ki, onlar düşmənin hərəkətini izləmək üçün qoyulmuşdur.
Hava xoş və sakit olsa da, şəhərdə müəzzinin səsindən başqa heç bir şey eşidilmirdi. Onun xoş avazı dik divarlar içərisindən yüksəlib, sakit dənizin üzərinə yayılırdı. Sahildə bir nəfər də nəzərə çarpmırdı. Körpülərdə yırğalanan kiçik balıqçı qayıqları da kimsəsizdi. Hasarların üstündə dənizə tərəf tuşlanmış qısa lüləli topları görəndə Matyuşkin narahat olur. Ona elə gəlir ki, qalanın içərisində hərbi hazırlıq gedir. Vaxtı itirmədən vuruşa hazırlaşmağı əmr edir. Sahilə dörd batalyon qoşun çıxarılır. Desantın çıxarılması ilə qala darvazalarının açılması bir olur. İçəridən çıxan qılınclı süvarilər əsgərlərin üzərinə hücuma keçirlər. Rusların iki səhra topu dərhal atəş açır. Qızılbaşların atlıları pərən-pərən düşüb, qalanın içərisinə doluşurlar. Matyuşkinin əmri ilə 7 hərb gəmisi azca irəliləyib, yarım dairə şəklində körfəzin sularında lövbər salırlar, qızılbaşların qala topları onları atəşə tutmağa başlayır. Gəmilərdəki 18 funtlu mis toplardan yaylım atəşi açılan kimi qala üstündəki topların dördü də susur. Gəmilərdən şəhərə atılan 94 mərmidən qalanın içərisində yanğın başlayır. Şəhərin ən qədim məscidi hesab edilən Məhəmməd məscidinin minarəsi də zədələnir. Yerli əhali sonralar onu uzun müddət, ta təmir olunanadək Sınıq qala adlandırırdı.
Sahilə çıxarılmış toplar da gəmilərin toplarına qoşulub, şəhəri gecəli-gündüzlü atəşə tuturlar. Qala divarları bəzi yerdə uçub tökülür. Onları təmir etmək, əmələ gəlmiş iri deşikləri tutmaq üçün bakılılara bir dəqiqə də imkan verilmirdi. Toplar durmadan atəş açırdılar. Bununla belə, şəhər təslim olmaq fikrində deyildi.
Matyuşkin iyulun 25-də şəhəri sübh tezdən hücumla almaq qərarına gəlir. Lakin gecə yarısı gözlənilmədən başlayan fırtına bu əməliyyatı keçirməyə mane olur. Şiddətli külək gəmiləri sahildən xeyli uzaqlaşdırır. Bundan istifadə edən bakılılar gecə ikən divarların uçulub deşilmiş yerlərini təmir edirlər. Rus qoşunları sahilə iki tərəfdən çıxarılmışdı. Şəhərin şərqinə çıxarılmış qoşun sonralar Pyotr meydanı adlandırılmış yerdə qərar tutmuşdular. Şəhərin cənubuna çıxarılmış qoşun isə təpədə yerləşirdi. Sonralar bu yer Urusqala adlanırdı. Köhnə xristian qəbiristanlığı da burada salınmışdı. Sahilə çıxarılmış desant nəfərləri günortaya yaxın uzaqdan şəhərə gələn bir kəndli görürlər. O öz eşşəyinin xurcunlarında şəhərə qarpız aparırmış. Matyuşkin kəndlinin vasitəsilə şəhərin sultanına belə bir xəbər göndərir: "Əgər şəhər təslim olarsa, heç kəsə dəyib dolaşmayacağıq. Təslim olmasalar, heç kəsə aman yoxdur. Divarlardakı dəlikləri tutmaqlarının xeyri yoxdur, biz onlardan daha böyüklərini aça bilərik". Bir saatdan sonra qala divarları üstündə ağ bayraqlar görünür. Qalanın üstündən rusları işarə ilə başa salırlar ki, danışıq üçün öz adamlarını göndərə bilərlər.
Matyuşkin qalaya zabitlərdən ibarət nümayəndə heyəti göndərir. Bir müddətdən sonra nümayəndə heyəti dörd nəfər yerli ilə geri dönür. Şəhərin nümayəndələri bildirirlər ki, şəhər əhli qalanı təslim etmək fikrindədir. Matyuşkin müqavilənin şərt və maddələrini şəhər hakiminə çatdırır. Şəhərin dənizə baxan darvazaları taybatay açılır. Əhali böyükdən kiçiyədək sahilə çıxır. Batalyonlar sahildə sıraya düzülərək, hərbi addımlarla şəhər darvazalarına tərəf addımlayırlar. Rus əsgərləri birinci növbədə şəhər darvazalarının keşiyini öz əllərinə alırlar. Əsgərlər şəhərin əsas məscidi olan Cümə məscidinin qabağındakı meydançada və habelə erməni və moltanı karvansaralarında yerləşirlər. Məlum olur ki, şəhərdə 700 qızılbaşdan ibarət bir qarnizon vardır. Bu qarnizon yüzbaşı Dərgahqulu xanla birlikdə rusların sərəncamına keçir. Şəhərin sultanı öz vəzifəsində saxlanılsa da, hüququ çox məhdudlaşdırılır.
Knyaz Baratınski şəhər komendantı vəzifəsinə təyin olunur. Komendantın ilk sərəncamlarından biri ondan ibarət olur ki, şəhər əhlindən bütün silahlar alınır. Matyuşkinin əmri ilə iki polk şəhər komendantının sərəncamına verilir. İki polkda 2.382 əsgər vardı. Bakının işğalı ilə əlaqədar olaraq, I Pyotrun fərmanı əsasında Matyuşkinə general-leytenant rütbəsi verilir.
Bakı şəhərinin ilk gerbinin yaradılması da bu dövrə təsadüf edir. I Pyotrun hakimiyyəti dövründə Rusiya şəhərlərinin çoxunun öz xüsusi gerbi vardı. Bu gerblər daha çox hərbi əhəmiyyətə malik idi. Bu hissələr yerləşdikləri ərazi ilə bağlı xüsusi gerblərini yaratmış və öz bayraqlarına rəsm etdirmişlər.
Rus qoşunları Bakının işğalı ilə məşğul olduğu zaman I Pyotr Xəzər sahili vilayətlərinin Rusiyaya ilhaq edilməsi barədə İranla danışıqlar aparırdı. Xəzər sahili şəhərlərinin – Dərbəndin, Şamaxının, Bakının, Salyanın Rusiyaya güzəştə gedilməsi şərtilə I Pyotr İrana yenə öz hərbi köməyini təklif edir. Pyotrun bu təklifi əsassız deyildi, həmin illərdə Türkiyə Xəzər sahillərinə can atırdı. 1723-cü ilin baharında türk qoşunları Gürcüstanın içərilərinə doğru yürüş etməyə başladı. Tiflis şəhərini alandan sonra Gəncə, Şamaxı və Bakı üzərinə hücuma keçdilər. Türklərin bu əyalətlərə basqını məlum olduğu kimi, Rusiyanın mənafeyi ilə toqquşurdu. Lakin İsveçlə müharibəni yenicə qurtarmış rus dövləti yeni bir müharibə başlamaq iqtidarında deyildi. Buna görə də, türklərlə sülh müqaviləsi bağlamaq onların xeyrinə idi. Belə bir müqavilə 1724-cü ilin iyununda İstanbulda bağlandı. Bu müqavilə ilə ruslar 1724-cü ilin 12 sentyabrında Peterburqda İranla bağlanmış müqavilənin şərtlərini bir daha möhkəmlətdi və Dərbənd, Bakı, Lənkəran, Rəşt və başqa şəhərlərin Rusiyanın tərkibinə keçməsi bir fakt kimi təsdiq edildi. İranla bağlanmış müqavilədə əfqanlara qarşı müharibədə silahlı kömək göstərməyi ruslar bir vəzifə olaraq, üzərlərinə götürmüşdülər. Ancaq İran hakim dairələrindəki ixtilafla əlaqədar olaraq, müqavilə İran şahı tərəfindən hələlik təsdiq edilməmişdi. Buna baxmayaraq, sənədin İran səfiri tərəfindən imzalanması rus qoşunlarının daha cənuba irəliləməsi üçün imkan verirdi. Matyuşkin