Bu iyirmi il Türkiyə üçün hərbi cəhətdən böyük yüksəliş, Səfəvilər üçün isə tənəzzül dövrü idi. I Təhmasibin ölümündən sonra köçəri tayfalarla mərkəzi hökumət arasında çəkişmələr daha da gərginləşmişdi.
Taxt-taca yiyələnmək üstündə şahın övladları arasında çəkişmə gedirdi. Bəzi saray əyanlarının köməyi ilə İsmayıl Mirzə II İsmayıl adı ilə taxta çıxarılır. Lakin onun hökmranlığı uzun sürmür. İki ildən sonra saray çevrilişi nəticəsində II İsmayıl öldürülür. Yerinə I Təhmasibin böyük oğlu kor Məhəmməd Xüdabəndə keçir. A. Bakıxanov "Gülüstani-İrəm" əsərində Xüdabəndənin siyasəti nəticəsində Səfəvi hökumətinin daha da zəiflədiyini qeyd edir. Onun yazdığına görə Məhəmməd Xüdabəndə iradəcə zəif bir adam idi. Onun hökmranlığı dövründə əmirlər arasındakı yekdillik də aradan qaldırılmışdı. Daha güclülər dövləti, demək olar ki, aralarında bölüşdürmüşdülər. Bütün bunların nəticəsində Səfəvi dövləti daxilən sarsılırdı.
Səfəvilərin belə zəifləməsindən istifadə edən Türkiyə vaxtı ilə onlarla bağlanmış müqaviləni pozaraq Mustafa Lələ paşanın başçılığı altında 100 minlik türk qoşununu təzədən Zaqafqaziyaya yeritdi. Məşhur Çaldıran döyüşlərində Səfəvilər məğlub edildi. Gəncə, Qəbələ, Şamaxı, Bakı və başqa şəhərlər işğal edildi. Ölkədə yeni inzibati bölgü düzəldi. Paşalıqlar, sancaqlar yaradıldı. Abşeron yarımadası Bakı şəhəri ilə birlikdə ayrıca bir sancaq oldu. Y.Paxomovun "Azərbaycan sikkə xəzinələri" kitabında o dövrdə Bakıda sultan adından basılmış sikkə nümunələri göstərilmişdir.
Bir müddətdən sonra türklər Bakı, Şamaxı və başqa şəhərlərdə kiçik qarnizon hissələri saxlayıb, əsas qüvvəni geri çəkirlər.
Səfəvilərə də belə fürsət lazım idi. Türklər geri çəkilən kimi Məhəmməd Xüdabəndənin oğlu Həmzə Mirzənin başçılığı altında Səfəvi qoşunları türklərin kiçik qüvvələrini darmadağın edib, şəhərləri və o cümlədən Bakını osmanlılardan azad etdilər. Osman paşa Dərbəndə qaçdı. 1584-cü ildə osmanlıların vassalı olmuş Məhəmməd Girey xan Osman paşanın köməyinə çatdı; Şamaxı, Bakı və başqa şəhərlər təzədən osmanlıların himayəsi altına keçdi. Türkləri Şirvan şəhərlərindən çıxartmaq üçün Xüdabəndə Azərbaycana təzə qüvvələr göndərdi. Səfəvi əmirləri əvvəlcə Bakını mühasirəyə aldılar. Lakin şəhəri işğal edə bilmədilər. Çünki onların arasında güclü ixtilaf başlamışdı. Digər tərəfdən ərzaq çatışmazlığı ordunun geri qayıtmasına səbəb oldu.
Osmanlıların işğalı dövründə Səfəvi dövləti son dərəcə ağır günlər keçirirdi. Özbəklər də ölkəni hədələməyə başlamışdılar. Səfəvi dövləti üçün belə ağır vəziyyətdə Məhəmməd Xüdabəndənin kiçik oğlu I Şah Abbas 1587-ci ildə taxta çıxır. O Səfəvi tarixində Şah Abbas Kəbir kimi tanınır. O zaman Şah Abbasın on altı yaşı vardı. Gənc olmasına baxmayaraq, Mərkəzi Səfəvi dövlətini böhrandan çıxarmaq üçün bir sıra tədbirlər düşünüb həyata keçirir. Onun reformaları nəticəsində Səfəvi dövləti özünün əvvəlki qüdrətini qaytarmağa nail olur. Səfəvilərin paytaxtını da Qəzvin şəhərindən, ölkənin içərilərinə – İsfahana köçürür. Gənc Səfəvi hökmdarı ölkəni ağır vəziyyətdən qurtarmaq üçün əsas çıxış yolunu osmanlılarla müharibəni dayandırmaqda görür. 1590-cı ilin may ayında türklərlə sülh müqaviləsi bağlanır. Doğrudur, bu Səfəvilərə çox ağır başa gəlir. Çünki Azərbaycanın şimal və cənub əyalətlərinin əksəriyyəti, o cümlədən Bakı və Abşeron türklərin himayəsi altında qalır. Türklər Azərbaycanda öz mövqelərini möhkəmlədəndən sonra sünni məzhəbini rəsmi məzhəb elan edərək, şiələri hər yerdə təqib etməyə başlayırlar. O dövrdə Bakı əhalisinin əksəriyyəti şiə idi. Bu cəhətdən əhali hər tərəfdən sıxışdırılır, onlara həddindən artıq vergi qoyulur, ticarət işlərinə maneçilik törədilirdi. Hətta bəzən bir çoxlarını sünni məzhəbini qəbul etməyə məcbur edirdilər. Türklər Dərbənddən tutmuş, ta Bakıyadək ticarət yollarını möhkəm nəzarət altına almışdılar. Rus ticarət gəmilərinin toplaşdığı Niyazabadda türklər özləri üçün xüsusi ticarət gəmiləri inşa etməyə başlamışdılar. Türk qarnizonlarının yerləşdiyi bütün şəhərlər möhkəmləndirilmişdi. Mustafa Lələ paşanın əmri ilə Bakıda şəhər divarları təmir edilib qaydaya salınmış, şəhərin müdafiəsi üçün keşikçilərin sayı artırılmışdı. Axşamlar şəhər darvazaları möhkəm bağlanır, içəriyə bir nəfər də buraxılmırdı.
Türklərin Xəzərin qərb sahillərində möhkəmlənməsi rusları narahat etməyə bilməzdi. Bu məqsədlə vaxtilə şah Xüdabəndə dövründə başlamış olduqları diplomatik danışıqlara təzədən qayıtmalı oldular. I Şah Abbas Moskva çarının yanına elçi göndərərək, türklər əleyhinə birgə müharibəyə başlamağı təklif etdi. Bunun əvəzində isə Şah Abbas Dərbənd ilə Bakı arasındakı Xəzər sahillərini həmişəlik olaraq rusların ixtiyarına verəcəyini vəd edirdi. İsveçlərlə müharibəni yenicə qurtarmış ruslardan xəbər çıxmadıqda Şah Abbas 1606-1607-ci illərdə tək başına türklər üzərinə yürüşə başladı. İrəvan, Gəncə, Şamaxı və Bakı şəhərlərini türklərdən geri aldı.
Bakı şəhərinin alınmasında şəhər əhalisinin də böyük köməyi olmuşdu. Bu zaman şəhərdə osmanlıların 300 nəfərdən ibarət bir qarnizonu dururdu. Bakılılar Şah Abbas qoşunlarının şəhərə yaxınlaşmasından xəbər tutduqda türklərin zülmündən xilas olmaq məqsədilə içəridə qarnizonun əleyhinə qəsd düzəldirlər. Əlbəyaxa vuruşlarda İçərişəhərin dar küçələri bakılıların köməyinə çatır. Damlardan, evlərin pəncərələrindən açılan güllələrlə və əllərində siyirmə qılınclarla bütün qarnizon əsgərlərini bir nəfər kimi qırırlar. Sonra əsgərlərdən çoxunun başını kəsərək, şəhər qapılarının açarları ilə birlikdə Şah Abbasa göndərdilər. Türk qarnizonuna tutulan bu divan şiəçilik bayrağı altında keçirilmişdi. Əhali bir işğalçının zülmündən qurtararaq, ikinci bir işğalçının əsarəti altına düşdüyünü dərk etmədən yalnız sünni məzhəb türkləri qovmaq üçün qızılbaşlara sığınmağa çalışırdı. Bir türk tarixçisinin yazdığına görə, Şah Abbas bu qəsd əvəzində bakılılara böyük mükafatlar vermişdi.
Şah Abbas Azərbaycanda hakimiyyətini qüvvətləndirmək üçün inşaat işlərini sürətlə genişləndirirdi. Bakı şəhər divarlarını, Şamaxı darvazasını təmir etdirir, çoxlu karvansara və ovdanlar tikdirirdi. Onun tikdirdiyi karvansara və ovdanlardan bəziləri bizim günlərədək qalmışdır.
Şah Abbas tarixdə öz amansız müstəbidliyi ilə də tanınmışdır. Onun hökmdarlığı dövründə işğal edilmiş yerlərdə baş verən üsyanları amansızcasına yatırtmışdı. Qiyamçıları ən ağır cəzalarla öldürtdürür, kəndləri, obaları yandırtdırır, əhalini öz doğma yerlərindən sürgün etdirib, didərgin saldırırdı. Azərbaycanda özünə dayaq yaratmaq məqsədilə Şah Abbas yarımköçəri tayfaları İranın cənubundan