На протяжении XVI столетия собор обстраивается двухэтажными папертями, которые окружили собор с трёх сторон, оставив открытым лишь восточный фасад. Поскольку впоследствии паперти также подверглись существенным перестройкам, их первоначальный внешний облик и время создания представляют вопрос для исследователей. К. К. Романов и П. П. Покрышкин считали, что паперти возникли не одновременно, а минимум в два этапа[130]. К начальной стадии они в частности относили северо-западную часть паперти, где на реконструкции показана звонница. Здесь действительно сохранилась каменная лестница, ведущая от пола паперти, а с внешней стороны читаются мощные консоли, которые, как считал К. К. Романов, являлись опорой для конструкций звонницы. Именно эта реконструкция дала основания К. К. Романову датировать паперти периодом до 1530 г., когда в монастыре была возведена Благовещенская церковь «под колоколы», взявшая на себя функцию колокольни[131]. Между тем, как показали исследования С. С. Подъяпольского, «ошибка Романова заключалась в том, что он не придал значения существованию в этой части здания вертикальной шахты с небольшой дверцей внизу, являющейся характернейшим признаком устройства для часового механизма»[132]. Следовательно в северозападном углу паперти находилась не звонница, а часовая палатка, аналогии чему известны на примере некоторых белозерских памятников XVI в.[133] Из этого следует, что доводы о разновременности этих частей паперти, высказанные К. К. Романовым, были ошибочны и все её части были возведены одновременно.
Ферапонтов монастырь. Общий вид с озера. Около 1910
Внешний облик папертей становится хорошо понятным исходя из описания С. С. Подъяпольского. Оба этажа паперти имели сводчатые перекрытия, которые в нижнем уровне были врублены в стены, а в верхнем опирались на прикладки к стене собора. Паперти имели пощипцовое покрытие, от которого на стенах собора остались отпечатки. Западная и южная паперти имели открытую аркаду из довольно широких арок, которых приходилось по две на прясло стены собора. В середине западного фасада к паперти вела каменная лестница, а в северной части западного фасада находилась глухая палатка часозвонья. Северная паперть также была глухой, с маленькими окошками, которые сохранились до наших дней. От западной паперти она была отделена