В первые послереволюционные годы Ферапонтов монастырь несколько раз едва избежал разорения, которое могло нанести непоправимый урон его памятникам. Первый инцидент возник в мае 1918 года: Кирилловский Исполнительный комитет предпринял попытку произвести опись монастырского имущества, но комиссия, приехавшая в Ферапонтово, была разогнана прихожанами. Стихийно возникший протест был воспринят как заранее задуманная акция, вследствие чего игуменью Серафиму и священника И. Иванова вызвали в Кириллов и арестовали за якобы имевшее место с их стороны подстрекательство. Игумении Серафиме так и не суждено было возвратиться в обитель – 15 сентября 1918 года она была расстреляна вместе с кирилловским епископом Варсонофием[94]. Отсутствием монастырского начальства воспользовались некоторые крестьяне близлежащих деревень, учинившие в монастыре два погрома. К счастью, художественные ценности не пострадали, но в ходе второго погрома под трапезной было обнаружено сто пудов муки, частично уже испортившейся. Этот факт, в условиях послевоенного голода, вызвал возмущение и среди прихожан, потребовавших выселения монахинь, которые к тому моменту и без того уже начали разъезжаться. К концу лета 1918 г. в монастыре оставалось только восемь насельниц[95]. Окончательно монастырь был закрыт в начале 1923 г., а на его базе организован совхоз, в который вошли и его монахини, остававшиеся к этому времени в Ферапонтове[96].
Несколько раз монастырь оказывался под угрозой организации в нем детдома, что имело бы самые пагубные последствия для его памятников. С. Н. Павлов сообщает, что в январе 1922 г. удалось уже в четвертый раз отхлопотать здания монастыря[97], но после его упразднения опасность эта стала более серьезной. В 1926 г. вопрос был, наконец, решен в пользу неприкосновенности монастыря, но лишь благодаря вмешательству ЦГРМ и лично И. Э. Грабаря[98].
Несмотря на упразднение монастыря, богослужения в нем продолжались. В ноябре 1924 г. постановлением Череповецкого Окружного исполкома за общиной верующих были оставлены церкви преп. Мартиниана и Благовещения с трапезной[99]. Перевод остальных зданий монастыря в ведение Главнауки и организация в Ферапонтове музея состоялись лишь в мае-июне 1927 г.[100] Богослужения, вероятно, были прекращены в 1929 г., после того, как все деревянные постройки монастыря были уничтожены пожаром, возникшим, видимо, в результате умышленного поджога[101].
В мае 1918 г. при музейном отделе Наркомпроса была создана специальная Комиссия по охране памятников искусства и старины, и Ферапонтов монастырь оказался в поле внимания этой организации. Летом того же года сооружения