Ремонт 1794–1798 гг., предпринятый игуменом Феофилактом, оказался как нельзя кстати. Он охватил все здания монастыря, в первую очередь коснулся собора и примыкающих к нему построек. Храм был укреплён, но перестройки, приведенные в угоду новым вкусам, не только исказили его облик, но и нанесли заметный урон фрескам. Монастырская опись 1798 г. дает довольно подробное по тем временам описание ремонтных работ. О соборе Рождества Богородицы говорится следующее: «Церковь соборная…, при ней паперть вновь поправленная с фундаментами, и оная привязана к церкви железными связями… в которой церкви и в главе пробито вновь тринадцать окон больших с железными решетками, и в оных вставлены окончины новые, покрашенные красками. Показанная церковь об одной с приделом главе, которая построена вновь с кумполом. На оной главе крест железной и золотом позолочен, а та глава, и кумпол, и кровля выкрашены красками, и при оной церкви в левой стороне зделана вновь из паперти ризница, в которой четыре окна больших с решетками железными…». «Между вышеописанными соборными церквами (собором Рождества Богородицы и церковью Благовещения – В. С.) линиею каменные вновь зделаны с железными связями переходы, в коих переходах шестнадцать больших окон…, и вверху пропущена сквозь новая тесовая подволока в дверной паз для убору штуком. Посреди тех переходов вверху положена каменная шатровая об одной главе (колокольня – В. С.), на которой как глава, шатер, так и кровли поновлены и преправлены красками… Показанная колокольня в трех местах связана железными связями крепко, а щели залиты цементом и внизу подкреплены вновь построенным крыльцом»[161].
В приведенном описании многие важные детали остались недосказанными или вовсе опущены, но, с уммируя его с данными исследований П. П. Покрышкина и К. К. Романова[162], можно составить полное представление о ходе ремонта. Прежде всего, на соборе было сделано новое четырехскатное покрытие, уничтожившее малую главу над Никольским приделом, а также щипцовую часть кокошников и закомар. Шлемовидная глава была заменена на двухъярусную, а окна барабана оказались сильно растесанными, из-за чего пострадали фигуры ангелов в простенках. Растеске подверглись также окна на стенах собора, а в центральном прясле западной стены появилось новое прямоугольное окно, уничтожившее фигуру Христа из «Страшного суда». Нетронутыми остались окна боковых апсид, а также окно в южной стене диаконника, заложенное при постройке церкви преп. Мартиниана. Окно центральной апсиды, расширенное еще в 1777 г.[163], также осталось в прежнем виде. Снаружи в стены были врезаны железные тяги, связавшие по периметру весь собор, при этом сильно пострадал орнаментальный кирпичный