После завершения войны в 1783 г. Мур вернулся в Великобританию и в 1784 г. был избран в парламент от Ланарк-Барфс и пробыл в нем до 1790 г. В 1787 г. – майор 60-го пехотного полка.
Затем в его послужном списке были: служба на Гибралтаре, осада Тулона, военная кампания на Корсике, в Вест-Индии под началом генерала Ральфа Эберкромби и… заболевание жёлтой лихорадкой, из-за чего он был вынужден вернуться в Великобританию.
1 января 1798 г. Мур получает звание генерал-майора и участвует в подавлении восстания в Ирландии. Причем, он отличился 20 июня 1798 г. в сражении при Фолксмайле, после чего восстановил контроль над Уэксфордом, но и отличался от большинства других участвовавших в разгроме мятежников военачальников своей человечностью и отказом от суровых наказаний восставших.
В июне 1799 г. Мур командовал бригадой во время неудачной экспедиции в Эгмонт-оп-Зее в провинции Северная Голландия, где англичане потерпели чувствительное поражение, а сам он был тяжело ранен.
После выздоровления произведён в 1801 г. в полковники и участие в осаде Массена в Генуи. После чего во главе 52-го пехотного полка Мур оказался в Египте, вновь под началом Эберкромби, где принимал участие во взятие Абукира, Каира и Александрии. В Египте находился до взятия британцами 2 сентября 1801 г. Александрии.
Возвратившись в Великобританию в 1803 г., Мур, считавшийся одним из лучших специалистов по военной подготовке, ввёл новую по тем временам систему военной подготовки для 95-й (в будущем образцово-знаменитой!) бригады в лагере Шорнклиффа, благодаря которой в Великобритании появились первые постоянные лёгкие пехотные полки.
…Кстати сказать, Джон Мур имел репутацию гуманного командира, уделял большое внимание формированию чувства долга у подчинённых ему офицеров и солдат. И везде его строгий, но человечный подход к солдату приносил ему успех. Именно он начал первым в британской армии прививать своим подчиненным – как рядовым, так и офицерам – необходимость думать на поле боя. Именно он «поставил» британским войскам обязательную прицельность стрельбы…
Когда стало очевидно, что Наполеон Бонапарт планирует вторжение в Великобританию, Мур был поставлен во главе 340 (?) тыс. добровольцев, которые должны были оборонять линию британского побережья от Дувра до Дюнгнесса в случае поражения регулярных войск.
В 1804 г. Мур был посвящён в рыцари и произведён в генерал-лейтенанты.
Потом были Сицилия, Балтика, где он возглавлял 11-тыс. корпус, для помощи Швеции, воевавшей тогда против России. Однако, у него возникли серьёзные разногласия со шведским королём Густавом IV: в отличие от короля, придерживавшегося оборонительной стратегии, он стремился действовать наступательно.