В сентябре 1754 года Ф. И. Соймонов открыл навигацкую школу и в Нерчинске. Штат ее был определен в 70 учеников. Поначалу там преподавал сам Соймонов, с 1756 г. до марта 1759 г. – «подмастерье в поручичьем чине» Юсупов29, потом – Бритов (который до того был учителем Иркутской школы). В августе 1756 г. здесь числилось 35 учеников, в 1757 г. – 59, большинство из которых, изучив геодезию, направлялось для работы геодезистами в Нерчинский горный округ, до изучения навигации доходили лишь единицы. За 9 лет существования эта школа обучила 140 человек, 3 из которых поступили в ученики ластовых судов, 36 – в канцелярию горного ведомства, 6 лучших были отправлены в экспедицию П. К. Креницына, 7 – в обучение различным мастерствам, 23 – в драгуны и 13 – в Нерчинские заводы. В августе 1765 г. Нерчинскую школу закрыли30, влив числившихся в ней 39 учеников в Иркутскую навигацкую школу, а И. Бритова назначили директором последней. С того же года все сибирские навигационные школы были переданы в ведение губернаторов.
Некоторые исследователи указывают, что якобы в 1758 г. была открыта некая навигацкая школа и в Томске – как начальная школа с профессиональным уклоном, однако никаких подробностей при этом не сообщают и конкретных ссылок на источники не дают. В архивах же найти подтверждение такой информации до сих пор не удалось31. Впрочем, само это событие представляется маловероятным еще и потому, что в том же 1758 г., в связи с окончанием работ Амурской экспедиции, Адмиралтейством был прекращен отпуск средств на содержание даже Иркутской навигацкой школы, и она продолжала существовать на местные средства.
В 1758 году по приказу Ф. И. Соймонова, за год до того назначенного генерал-губернатором Сибири, в Охотск были направлены «штурманами и для обучения» 5 из 11 первых выпускников Иркутской навигацкой школы (в том числе двое – непосредственно преподавателями), в 1759 г. – еще 11 из 32. За период 1754—1768 гг. Иркутскую школу окончили 192 человека, значительная часть из которых «отправлялась в Охотский порт штурманами на казенные и партикулярные суда, из коих последние принадлежали разным купцам, составившим частные компании и производившим разные промыслы на островах, открываемых в Восточном Океане».
С учреждением в 1783 г. в Иркутске наместничества, школа поступила в ведение Приказа общественного призрения, а управление ею было поручено губернскому землемеру. Содержалась она на средства от пошлинной торговли. К 1787 г. в Иркутской школе навигации и геодезии прекращается набор учеников, нет ни одного учителя навигации32. Через 3 года в ней числятся 40 учеников, на содержание которых отпущено из государственной казны 1 506 руб., и 200 руб. дополнительно – на содержание хозяйства (дрова, бумага). В 1795 г. эту школу, в составе 22 учеников, присоединяют к Главному народному училищу33 города34, прекратив занятия навигацией из-за отсутствия «особых учителей» (но официально