Отчетом 1767 г. зафиксировано, что в Охотске производится денежное содержание 15 штурманским ученикам – по 54 руб. годовых, 6 навигацким – по 18 руб., 5 ученикам (лекаря?) – по 12 руб. 60 коп., 2 ученикам (ластовых судов?) – по 120 руб., 2 парусным ученикам – по 30 руб. и 1 блоковому ученику – 72 руб. В 1772 г. Сенатом было предписано вытребовать к имеющимся в Охотске 3 штурманам, 3 подштурманам, 2 штурманским ученикам и 3 навигацким ученикам потребное число штурманских учеников из Якутской навигацкой школы. В 1776 г. в Охотске числилось «учеников навигацкой школы – 20, школьников – 20».
По ходатайству нового начальника порта отставного капитан-лейтенанта С. И. Зубова39, уделявшего школе должное внимание, в 1777 г. был утвержден штат на 20 учеников (до того вообще никаких штатов не было, и назначения туда производились «по мере требования и имеемых средств»), с производством им жалованья по 54 руб. в год каждому, и созданы классы для обучения детей нижних чинов. Осуществляя первый выпуск морских специалистов, двух лучших из них он выпустил в штурманские ученики, укомплектовав школу по новому штату. В 1780 г., когда наводнение разрушило город, навигацкая школа была временно переведена в Гижигу, где функционировала до 1785 г.
Сменивший С. И. Зубова коллежский асессор Бензинг также деятельно занялся делами школы40. В ноябре 1780 г. он доносил губернатору о положении дел и своих шагах по наведению порядка: «В Охотской же навигацкой школе как для познания основания православной веры, так и вкоренения нравоучения всеобщего и других наук не имеется приличного и достаточного числа книг, а некоторые, хотя для научения навигации и имеются, только по долговременному употреблению их пришли в ветхость и негодность; сама же школа находится в больничном доме». Школа переводится им в дом умершего поручика Никонова, для нее приобретаются новые учебники. Он же отдает распоряжение: «Над обучающимися в навигацкой школе учениками, которых числом быть должно двадцать, иметь смотрение флота лейтенанту А. М. Юрлову, определяя вместо учителей штурманов и подштурманов, знающих и способных; при наступлении же первого числа каждого месяца или по третям год, в полном собрании охотских штаб и обер-офицеров, флота лейтенантам И. Синдту и А. Юрлову экзаменовать оных школьников и аттестовать каждого по оказанной к наукам прилежности». Тогда же по приказанию иркутского губернатора генерал-поручика Ф. Н. Кички в Охотск были присланы книги из иркутской библиотеки и предписано смотреть за школой А. Юрлову. Кроме того, Бензинг нанял для изучения в навигацкой школе латинского, французского и немецкого языков иностранного пастора, с жалованием 5 руб. в месяц. С уходом в 1784 г. Бензинга