В 1753 г. губернатором Сибири был назначен генерал-поручик Василий Алексеевич Мятлев, внесший большой вклад в развитие морского образования на Дальнем Востоке18. Новый губернатор обратился в Сенат с ходатайством о заведении навигацких школ также в Иркутске и Нерчинске. По получении проекта В. А. Мятлева, Сенат 22 июля 1753 г. за №204 указал «завести в Иркутске, а главное в Нерчинске, навигацкую школу… и вообще для всех предметов землеописания и мореплавания, школы ныне завести, в которых обучать геодезии и навигации детей чиновников, дворянских, сын боярских, морских, адмиралтейских, солдатских и казачьих, сколько признано будет нужно». Собственно, именно эти-то две школы и стали первыми по-настоящему морскими учебными заведениями в Восточной России.
Задачей новых школ была подготовка кадров для предстоящей Амурской (Нерчинской секретной) экспедиции19 – с целью перехода по Амуру и переноса Охотского поста в его устье, Сенат своим Указом №393 от 28 декабря 1753 г. распорядился произвести экспедицию, но, не получив от Китая разрешения на проход судов по Амуру, от переноса Охотского поста отказался, посчитав это политически несвоевременным. Ближайшей же задачей экспедиции являлось создание в Нерчинске речной флотилии, изучение устья Амура, строительство здесь порта и верфи для дальнейшей организации беспрепятственного плавания по Амуру и морем к Охотскому и Удскому острогам и в «протчие нужнейшие российские по Северо-восточному морю места». По ходу экспедиции предусматривались гидрографические исследования рек Амура, Аргуни, Ингоды, Шилки, Нерчи и Онона, составление карт, описание и оценка лесов, пригодных для строительства судов в бассейнах этих рек.
В 1754 г. в Иркутске была создана адмиралтейская команда (через 10 лет – адмиралтейство, которое было упразднено лишь в 1839 г.), в составе которой к началу мая 1756 г. состояли 35 морских и адмиралтейских служителей. 1 августа 1754 г. прибывший в Иркутск начальник Амурской экспедиции Федор