Первоначально академия была рассчитана на 300 человек, но уже к 1718 г. количество обучаемых составило 865. В академии учили «арифметике, геометрии, навигации, артиллерии, фортификации, географии, рисовать, живописного, и воинским обучениям мушкетами и на рапирах и некоторых – астрономии». В отличие от Московской навигацкой школы, академия изначально жила по строгому распорядку. Первая учебная программа ее была составлена лично Петром I и имела конкретный военно-морской характер. Срок обучения был определен Адмиралтейств-коллегией в ноябре 1726 г. и составил шесть лет и девять месяцев. С 1718 г. выпускники назначались не на корабли, а в организованную при академии гардемаринскую роту в 300 человек, т.е. впервые была создана организованная практика как элемент учебного процесса.
Несмотря на свое морское название, Московская навигацкая школа в основном решала задачи подготовки управленческих кадров для государства. Одной из ее важнейших функций стала и подготовка преподавателей для общей системы образования в России. Указом от 20 января 1714 г. выпускники этой школы посылаются в губернии для обучения дворянских детей арифметике и геометрии. А указом от 28 февраля того же года предписывается учить не только дворянских детей, но и детей приказных чинов, дьячих и подьячих от 10 до 15 лет. Обучение детей было бесплатным. Из посланных в губернии 47 навигаторов 29 остались учительствовать, остальные вернулись, не найдя учеников. Тем временем в стране создается система адмиралтейских и цифирных школ, призванных готовить учеников к поступлению в Морскую академию, инженерную и артиллерийскую школы.
Успеваемость в цифирных школах была очень низкая. Из 1 389 учеников с 1714 по 1722 гг. их окончили только 93.
Можно сделать вывод о том, что созданная Петром I военно-морская школа положила начало первой в России общенациональной системе образования. Уже к 1725 г. в стране действовали 51 цифирная, 56 гарнизонных и 46 епархиальных школ, ряд ремесленных школ, школы для подъячих и медиков, военные артиллерийская и инженерная школы, навигацкая школа и Морская академия. При этом даже после смерти Петра I Адмиралтейство продолжало заведовать цифирными школами, а по существу – всем народным образованием. 21 июня 1731 г. сенат издал указ «О произвождении жалования учителям циферных школ и об оставлении сих училищ по-прежнему в ведомстве