Своё детство он провёл в Карраз (маленький город и замок в Беарне). Хотя он был крещен по обряду католической церкви, верная принципам кальвинизма, его мать – Жанна д’Альбре воспитала его в духе протестантизма.
С воцарением Карла IX в 1561 году, отец Генриха – Антуан де Бурбон увёз его во Францию ко двору, где Генрих жил рядом с принцами королевского дома, с которыми он был примерно одного возраста. Вопрос выбора религии являлся конфликтным для его родителей. Мать настаивала на протестантстве, отец – на католицизме.
Во время первой из религиозных войн Генрих жил в Монтаржи под покровительством герцогини Шартрской Рене Французской. Протестантка по вероисповеданию, Рене, сумела, однако, превратить свой замок в островок религиозного нейтралитета. После войны и смерти своего отца, Генрих остался при дворе в качестве гаранта мира между Францией и Наваррой. Жанна д’Альбре добилась от Екатерины Медичи гарантии его образования и назначения губернатором Гиени в 1563 году.
С 1564 по 1566 год Генрих сопровождал французскую королевскую семью во время Великой поездки по Франции, – путешествии, которое предпринял Карл IX (король Франции) по настоянию Екатерины Медичи. Поездка имела целью ознакомить королевский двор с положением дел в разорённой первой религиозной войной Франции. Во время этого путешествия Генрих встретился со своей матерью. В 1567 году Жанна д’Альбре настояла на его возвращении в Беарн.
В 1568 году Генрих принял участие в своей первой военной кампании – третьей религиозной войне. Под руководством протестанта адмирала Гаспара де Колиньи он участвовал в битвах при Жарнаке, Ля Рош л’Абей и Монконтуре.
В 1572 году, после смерти своей матери Жанны д’Альбре, Генрих стал королём Наварры под именем Генрих III. 18 августа 1572 года он женился в Париже на Маргарите Валуа – сестре короля Карла IX, известной также под именем «королева Марго». Этот политический брак, против которого выступала Жанна д’Альбре, был задуман, с целью примирить католиков и протестантов. Поскольку новобрачные принадлежали к разным конфессиям, венчание происходило не внутри Собора Парижской Богоматери, а на его паперти. Последовали несколько праздничных дней.
Однако вследствие крайне напряжённой обстановки в Париже, несколько дней спустя 24 августа началось избиение гугенотов католиками, известное как Варфоломеевская ночь. Генрих избежал смерти благодаря своему высокому положению и своевременному обращению в католицизм. Вынужденный находиться при французском дворе, Генрих сблизился с братом короля Франциском Алансонским и участвовал в осаде Ла-Рошели 1573 года. В апреле 1574 года, после так называемых «заговоров недовольных» он и Алансон были заключены в Венсенский замок. Впоследствии Карл IX помиловал его и оставил при дворе. С воцарением Генриха III он получил новое королевское прощение