Генрих IV короновался 27 февраля 1594 года в Шартрском соборе (вопреки древней традиции – не в Реймском соборе, как все другие французские монархи). Его вступление в Париж 22 марта 1594 года и, наконец, отпущение грехов, дарованное римским папой Климентом VIII 17 сентября 1595 года, обеспечивают постепенное присоединение оставшейся части аристократии и простого народа, если не считать наиболее экстремально настроенных лиц. Например, Жана Шателя, который совершает покушение на короля возле Лувра 27 декабря 1594 года.
В 1595 году Генрих IV официально объявляет войну Испании. Во время кампании король сталкивается с большими трудностями, когда парирует испанские атаки в Пикардии. Взятие Амьена испанцами а также испанский десант в Бретани, где губернатор (герцог де Меркёр), родичи Гизов и зять покойного Генриха III не признают его королём, только усугубляют и без того опасное положение Генриха.
Ко всему прочему, король теряет поддержку протестантского дворянства. По примеру Ла Тремойя и Буйона они воздерживаются от участия в военных действиях. Потрясённые его вероотступничеством, а также вызванной им волной переходов в католицизм, они обвиняют короля в предательстве. Протестанты часто устраивают ассамблеи в надежде реанимировать свою политическую организацию. Некоторые доходят даже до перехвата королевских налогов.
Покорив Бретань, Генрих подписывает Нантский эдикт 30 апреля 1598 года. А 2 мая 1598 года заключается Вервенский мир между Францией и Испанией. После нескольких десятилетий гражданских войн на Францию, наконец, снизошёл мир.
Генриху уже под пятьдесят, а законного наследника всё нет. Вот уже несколько лет его судьбу разделяет Габриэль д’Эстре, но она недостаточно знатна, чтобы претендовать на корону. Королева де-факто она, однако, вызывает как лесть куртизанов, так и недовольство королевского окружения. Её внезапная смерть в 1599 году открывает для Генриха широкие перспективы для заключения выгодного стране брака.
В декабре 1599 года за немалые отступные он добивается аннулирования своего брака с бездетной Марго. В апреле 1600 года король в обмен на огромную сумму в 600 тысяч золотых экю от дома Медичи согласился через своего представителя во Флоренции подписать брачный контракт с Марией Медичи, младшей дочерью богатейшего человека Европы – великого герцога Тосканского – Франческо Медичи и Иоанны Австрийской, которую никогда не видел. В октябре в грандиозном палаццо Питти устроили венчание в отсутствие жениха – по доверенности. 17 декабря 1600 года в Лионе была сыграна свадьба 47-летнего Генриха IV с 25-летней флорентийкой Марией Медичи. Рождение в следующем году дофина – будущего Людовика XIII, стабилизирует авторитет короля.
Генрих компрометирует себя, продолжая внебрачную связь с Генриеттой д’Антраг – амбициозной молодой дамой, которая, не стесняясь, шантажирует короля, чтобы узаконить своих детей от него,