Начинается конфликт, в котором Генрих Наваррский несколько раз сталкивается с герцогом Майеннским. Римский папа опять отлучает его от церкви, а в 1587 году Генрих разбивает королевскую армию в битве при Кутра.
Значительные изменения в политической обстановке происходят в 1588 году. Смерть принца Конде ставит Генриха во главе протестантов. Убийство герцога Гиза примиряет Генриха III и Генриха Наваррского. В замке в Плесси-ле-Тур оба короля подписывают трактат 30 апреля 1589 года. Совместно сражаясь против Лиги, которая контролирует Париж и большую часть Франции они осаждают столицу в июле того же года. 1 августа 1589 года Генрих III умирает от ран, нанесенных ему фанатичным монахом – Жаком Клеманом (будучи набожным человеком, король велел беспрепятственно допускать к нему деятелей Церкви). На смертном одре Генрих III официально признаёт Генриха Наваррского своим наследником, который отныне становится королём Франции – Генрихом IV. Правда, это пока ещё скорее формальность, поскольку три четверти подданных короля не признают его таковым. Католики Лиги отказываются признавать законность такого престолонаследования.
Осознавая свои слабые стороны, Генрих IV начинает борьбу на идеологическом фронте. Роялисты-католики требуют от него принятия католицизма, но за девять предыдущих лет Генрих успел уже три раза совершить вероотступничество. Он отказывается, хотя и заявляет в спешно составленной декларации, что он будет чтить католическую веру. Это вызывает разброд и шатание в лагере его сторонников протестантов. Некоторые даже покидают армию (например, Клод де ла Тремуйль), причем католические сторонники Генриха III (но не Генриха IV) следуют их примеру, не желая служить протестанту. Армия в одночасье уменьшается вдвое (с 40 000 до 20 000 человек).
Ослабленный Генрих IV вынужден отказаться от осады Парижа, При поддержке Испании Лига переходит в наступление и оттесняет его к Дьеппу, куда он отступает в надежде на союз с Елизаветой I Английской, в то время как его войска разбегаются.
Однако Генрих IV одерживает победу над Карлом Лотарингским, герцогом Майенским 29 сентября 1589 года в битве при Арк. Привлеченные харизмой Генриха к рядам его сторонников примыкают: Франсуа де Бурбон-Конти и Франсуа де Монпансье (принцы крови), Лонгвиль, Люксембург и Роган-Монбазон (герцоги и пэры Франции); маршалы Бирон и д’Омон, а также многочисленные дворяне Шампани, Пикардии и Иль-де-Франса. Генриху опять не удаётся взять Париж, зато он с налёта берёт Вандом. Там он особо следит за тем, чтобы церкви остались нетронутыми, а жители