В новой своей, важной и многотрудной, должности Барклай де Толли вполне оправдал доверенность монарха, не только поддержав примерный порядок, существовавший при его преемнике, графе Аракчееве, но и сделав многие важные улучшения по военной части. Избрав в ближайшие сотрудники себе, дежурным генералом, достойного и способного генерал-майора Александра Борисовича Фока, исправлявшего уже такую должность в кампанию 1807 года, при Беннигсене, он был содействуем по управлению квартирмейстерской частью генерал-адъютантом князем Петром Михайловичем Волконским, а по управлению экспедициями существовавшей тогда Государственной военной коллегии, генералами: инспекторской экспедицией – Вердеревским, артиллерийской – бароном П. И. Меллером-Закомельским, инженерной – Опперманом, комиссариатской – Татищевым, провиантской – Лабою.
Президентом генерал-аудиториата был князь Салагов, дежурным генералом по части рекрутской – генерал-майор Стависский, директором Особенной канцелярии – флигель-адъютант Воейков, а после него А. А. Закревский (впоследствии граф и московский военный генерал-губернатор).
По представлению Барклая де Толли, учреждена была, под его председательством, Комиссия о составлении военных уставов и уложений, разделявшаяся на две части: Конференцию и собственно Комиссию. Членами Конференции были генералы: Опперман, барон П. И. Меллер-Закомельский, князь П. М. Волконский, Гогель, граф Сен-При (в 1814 году смертельно ранненый под Краоном) и полковник Перский (впоследствии директор 1-го кадетского корпуса).
Директором Комиссии был статс-секретарь Магницкий. Под их наблюдением и рассматриванием, а частью их собственными трудами, составлено было, высочайше утвержденное 27 января 1812 года «Учреждение для управления Большой действующей армией», в котором до того времени военная наша часть ощущала весьма чувствительный недостаток, не имея по многим предметам своего управления и внутреннего устройства ясных и положительных правил.
Как важно было составление этого «Учреждения» и как заботился о нем сам государь, лучше всего показывают следующие слова доклада, при котором Барклай де Толли представил на высочайшее утверждение плоды двухлетних трудов Конференции и Комиссии: «По высочайшему вашего императорского величества повелению, составлено Комиссией сочинения военных уставов Учреждение для Большой действующей армии.
Понеже от самого первоначального плана оному, до последней отделки каждой его части, составлялось оно, обрабатывалось и исправлялось под непосредственным руководством и по замечаниям вашего величества, то я не буду