Однако в связи со сложной политической обстановкой в стране (власть в ней захватили монголы) и преследованиями китайцев традиции ушу здесь не были популярны. Только после того, как к власти вновь пришла китайская династия, это единоборство снова стало развиваться. Во второй половине 1500-х годов генералом Ци Цзигуаном была написана книга «Цзисяо синьшу» («Новая книга записей о достижениях (в военном деле)»). В ней подробно описывались все наиболее популярные системы военной подготовки. Довольно много внимания в этой работе уделялось и ушу. Кроме того, именно Ци Цзигуан ввел обязательное изучение данного единоборства всеми воинами, в том числе и офицерами. Благодаря нововведениям генерала ушу в XVI веке получило широкое распространение в Китае.
Однако это продолжалось сравнительно недолго. В 1644 году император династии Мин был свергнут и к власти пришла маньчжурская династия Цин, а через некоторое время ушу из категории легальных боевых искусств перешло в разряд тайных. Императоры династии Цин правили страной до 1911 года, и все это время изучать различные стили ушу можно было только в специально созданных тайных обществах.
В XVI веке прибрежные земли Китая стали подвергаться нападениям японских пиратов. Ци Цзигуану было приказано «покарать бандитов и оберечь народ». Однако войска на побережьях были малочисленны, и пираты-самураи легко побеждали их. Местные отряды самообороны также не могли противостоять японцам. В связи с этим Ци Цзигуан принял решение привлечь в военные отряды бойцов ушу, благодаря чему японцы были очень скоро побеждены.
В XIX веке в стране часто происходили народные восстания (восстание «восьми триграмм», «опиумные войны», война тайпинов, боксерское восстание). Многие из них были организованы различными тайными обществами, в том числе и Центром изучения ушу. Однако повстанцам не удавалось поколебать власть иноземной династии Цин, а в ходе одного из восстаний Центр изучения ушу был окончательно разгромлен и многие мастера ушу погибли. Однако традиции этого вида боевых искусств все же не были утрачены полностью, и спустя несколько десятилетий деятельность Центра изучения ушу возобновилась.
В 1909 году мастер стиля мицзунцюань Хо Юаньцзя основал в Шанхае академию боевых искусств под названием Ассоциация Цзиньу, в которой преподавалась техника ушу. В академию приглашались ведущие мастера различных традиционных стилей и направлений боевых искусств. Были разработана классификация ушу и специальные программы для массового обучения этому искусству. Через год после открытия Ассоциации Цзиньу в Шанхае прошли первые показательные выступления. Воспитанники демонстрировали зрителям парные комплексы и принимали участие в поединках.
К 1917 году филиалы Ассоциации Цзиньу появились в городах Гуанчжоу, Ухань, Цзянси и др. Еще через четыре года