На прошении о. Макария в Св. Синод митр. Санкт-Петербургский Серафим (Глаголевский) по вопросу о переводе Библии на русский язык написал такие слова: «Безумный фанатик» [58. С. 12] и предложил отправить автора в Спасо-Евфимиев монастырь в Суздале, который был лечебницей для душевнобольных и политической тюрьмой. В результате архим. Макария ни с чем отправили обратно в Тобольск.
В Санкт-Петербурге о. Макарий узнал о существовании перевода ветхозаветных книг прот. Г. И. Павского, своего учителя в Санкт-Петербургской духовной академии[77]. И в декабре 1840 г. он представил в Св. Синод те же две книги в пересмотренном виде, исправленном в соответствии с переводом прот. Г. П. Павского. На этот раз письмо о. Макария, сопровождавшее переводы, содержало угрозы и пророчества. Он писал о том, что многие беды в России (нашествие армии Наполеона, сильнейшее наводнение в Петербурге в 1824 г., бунт декабристов в 1825 г., голод 1831 г., пожар Зимнего дворца и многое другое) произошли от пренебрежения Словом Божиим, от того, что государь император и высшее церковное чиноначалие не заботятся о просвещении русского народа, не делают доступным для народа русский текст Священного Писания. Св. Синод указом разъяснил Макарию, что он дерзко «преступает пределы своего звания и своих обязаностей». Его определено было подвергнуть «молитвенной епитимии» при доме епископа Томского [62. С. 190].
Согласно указу Св. Синода, архим. Макарий был вызван в Томск. В течение 40 дней совершая ежедневно Божественную литургию и работая в богатой епархиальной библиотеке, о. Макарий принял наказание «за милость Божию и был очень доволен епитимьею» [75. С. 263]. В послужном списке Макария отмечено так: «В конце 1841 и в начале 1842 года проходил… сорокадневную очистительную епитимию, по случаю представления правительству мыслей и желаний своих в рассуждении полной Библии на российском языке в переводе с оригиналов» [58. С. 12].
Чуть позже о. Макарий решил составить и издать на русском языке извлечение из книг Священного Писания Ветхого и Нового Заветов, содержащее вероучительные тексты. В ноябре 1841 г. он отправил эту рукопись, названную «Алфавит Библии», московскому генерал-губернатору Д. В. Голицыну с просьбой опубликовать ее. Отец Макарий рассчитывал со временем перевести «Алфавит Библии» на телеутское наречие. Князь Д. В. Голицын препроводил сочинение обер-прокурору Св. Синода графу Н. А. Протасову, и о. Макарию последовал новый выговор от Св. Синода[78].
С годами у него развивалась чахотка, постепенно отнимались ноги, слабело зрение. В декабре 1842 г. он написал прошение об увольнении из миссии по причине слабого здоровья и в 1843 г. был освобожден от должности начальника миссии и назначен настоятелем Волховского Троицкого Оптина монастыря Орловской губернии.
Оставить миссию просветитель Алтая решился лишь через год после указа – в начале июля 1844 г. Прежде о. Макарий отправил Стефана Ландышева