Зовнішні події та внутрішні конфлікти
Тому вигнання Медічі в 1494 і 1527 рр. та їх періодичне повернення зумовлено зовнішніми факторами, такими як висадка військ Карла VIII в Італії або розграбування Рима. Ці фактори дають змогу аристократичним силам, які підтримують олігархічний лад, зайняти політичний простір і відновити функцію лідерства. Але причини їх короткочасного піднесення так само є причинами подальшого, як першого, так і другого відновлення влади Медічі: зрушення в балансі сил відкриває шлях до республіканського радикалізму та антиаристократичних настроїв людей, котрі виступають за повернення Медічі, і посилення консенсусу навколо становлення князівства, яке вони захищають. У 1530 р., після проголошення Карла V імператором і королем Італії під егідою Папи Климента VII, було вирішено, що Флоренція як республіка повинна повернутися до рук Медічі. У Гавінані, у провінції Пістоя, імперська армія на чолі з Філібером Оранським, чисельність якої становила 40 тисяч осіб, перемогла республіканську армію на чолі з Франческо Ферруччі. Алессандро Медічі (1510–1537) одержав владу, а в 1532 р. отримав титул герцога. У 1537 р. його вбив двоюрідний брат Лоренціно, але ні вигнані республіканці, ні шляхетні супротивники не змогли скористатися ситуацією; біля Монтемурло вороги Медічі були переможені двоюрідним братом покійного Алессандро, Козімо I (1519–1574). Він був обраний як герцог і правив державою до 1574 р.
Козімо І
Стабільність його уряду пояснюється здійсненням інституційних реформ, затверджених у 1532 р., які призводять до політичної ліквідації тих прошарків аристократії, які виступають проти плану Медічі створити князівство. Завдяки реформі було скасовано посаду Гонфалоньєра справедливості, а владу покладено на Раду із 48 осіб, що обирала з-поміж себе чотирьох осіб, котрі разом із герцогом утворювали виконавчу владу. За герцогом також залишається важливе право дозволяти чи не дозволяти проводити збори інших судових органів. Козімо I, відомий як Мудрий за його методи правління, зумів досягти двох важких цілей: уникнути повторення досвіду 1494 та 1527 рр. і водночас забезпечити захист флорентійської незалежності від загрози суворого імперського контролю. У 1555 р. було завойовано Республіку Сієну, а її території анексовано, за винятком п’яти прибережних фортець поблизу мису Арджентаріо, які було передано Іспанії, щоб сформувати так звану Область Президій.
Нова концепція правління
У 1569 р. Медічі отримали від Папи